祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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1139 个回答

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GEO数据标准化

GEO里平台有几万个,你指的是哪种平台的哪种数据

回答于 2019-01-10 20:01

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火山图

不是有数据表吗,在数据里看

回答于 2019-01-10 20:01

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软阈值自动算出是1,但R2是负数。

竟然还有这种事,不过你这个数据是不是基因个数太少了,一个0.9的都没达到,软阈值不好选

回答于 2019-01-10 20:00

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老师,我用DAVID和g:Profiler两个软件做GO富集分析结果不同,是...

两者之间应该是有一些交集的,既然都做了建议你选择g:profiler结果,相对于DAVID来说,g:profiler数据库更新一些

回答于 2019-01-10 19:58

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请问DECenter中的edgR处理用的哪种方式标准化呀?谢谢

直接用Counts数据呢

回答于 2019-01-10 19:35

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TCGA的转录组数据能用于GESA分析吗?

你要保存成symbol的才能用,然后就是 会跑一会儿,需要多等一下

回答于 2019-01-10 19:32

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igv可以看出input和实验组有明显区别情况下macs2callpeaks没有峰

应该是不显著,你把显著性阈值调大试试

回答于 2019-01-10 19:30

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unable to find an inherited method for function ‘probeNames’...

你的exprs 没法直接用rma,查一下rma需要什么类型的数据输入

回答于 2019-01-10 19:27

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请问LncBase Predicted v.2 中预测的threshold 默认为0.7 预测结...

这个没有最低,只有更低,你只要后面有理由说清楚你选的是有意义的就可以

回答于 2019-01-10 19:26