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想请教各位有没有好的预测蛋白质三维结构和活性分析的网站或软件...
试试这个：http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
回答于 2017-04-07 10:30
求问如何得到bacteria的refseq ID 和genebank ID之间的对应关系...
可以到这里下载对应物种的ID匹配文件ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GENOME_REPORTS/IDS 另可以到ID转换的在线工具进行转换 https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php
回答于 2017-04-06 16:46
用TCGA下载二代测序的序列的话，是个什么流程呀？从下载到选择什...
这个问题很大，目前没有什么标准流程，根据每个人不同的需要，使用TCGA数据 简单举几个例子如下 1、观察某个癌症的差异基因表达 下载某个癌症的癌与癌旁的表达谱数据（RPKM）数据,然后计算基因的差异表达 2、观察某个癌症的某些基因的在不同亚型（时期）表达变化 下载某个癌症的癌与癌旁的表达谱数据（RPKM）数据,提取...
回答于 2017-04-06 12:41
简易TCGA工具问题：请问这个合并文件怎么总报错呢
合并文件 报错首先有两种可能：1、样本文件过多内存不够 解决办法：分割fileID.tmp文件，每行为一个样本，分几次合并2、因为网络的原因下载的文件可能存在数据缺失 解决办法：重新下载，目录选择和原来的一致，软件自动检测哪个文件损坏，会自动重新下载
回答于 2017-04-06 10:16
KEGG Pathway通路图怎么标上颜色的？
這个图的做法如下： 首先假设你已经有了KEGG数据库支持的ID(uniprot,KO,NCBI-geneID,NCBI-proteinID),物种是人的。 那么你可以使用在线工具http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html来做 1.访问在线工具可以看到有三项输入： 在1处填写你的物种编码：比如人的就是hsa，小鼠的是mmu，如果记不住你可以点开右...
回答于 2017-04-04 11:15
请问一些物种kegg没有数据，是怎么做出Pathway的呢
没有被KEGG收录的物种，首先拿你的序列，然后使用KAAS这个在线工具进行比对，最后得到你的蛋白对应的KO号，进一步使用这些KO号找到其参与的通路（可使用工具http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html）
回答于 2017-04-03 20:47
请问谁有TCGA相关的参考文献吗?
TCGA官方的参考文献列表： https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/ 其他的可以在pubmed上搜索关键字 TCGA 很多 至于资料可以多上这里看看，不时更新最新资料 http://www.shengxin.ren/search?word=TCGA
回答于 2017-04-03 20:24