祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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1139 个回答

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简易TCGA中下载列表中都表示什么?

這个问题好大,TCGA的下载列表主要包括TCGA中可以免费下载的各种数据比如临床病理资料、RNA-Seq、甲基化、miRNA、SNV等等,可以从名字中看出来啦

回答于 2017-04-30 17:11

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TCGA中下载的转录组数据包含mRNA,该如何提取mRNA的数据呢?

首先TCGA下载的RNA-Seq数据主要包括三种编码蛋白的基因,假基因和非编码RNA(主要是lncRNA),提取的话可以参考下面两个问题的答案: 1、新版TCGA中表达数据下载后有6万多个ENSG号,其中包含了lncRNA,如何提取lncRNA的表达数据 2、python 实战任务之如何提取fasta头部信息

回答于 2017-04-28 13:32

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问一个简单的问题:基因间隔区是什么意思?可以被转录么?

不知道你這里的“基因间隔区”是否指的是基因间区,如果是的话一般情况下是不会被转录的

回答于 2017-04-28 13:28

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TCGA里面的下载的临床XML文件是怎么转临床数据文本的?

1、自己写脚本根据xml格式进行提取临床病理资料,每个样本都有对应一个xml文件 2、使用简易TCGA下载工具V6版本的ClinicalFull按钮进行提取。

回答于 2017-04-28 13:26

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血红素加氧酶HO-1的各个domain是什么?

可以使用interproscan来获得 两种方式: 一、输入蛋白ID直接查询 二、输入序列进行搜索

回答于 2017-04-26 09:25

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请问TCGA数据中2种甲基化数据(MethyArray27K和MethyArray450K)...

27K和450K是一两种不同的甲基化芯片平台

回答于 2017-04-24 09:43

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SRA

1、先检查数据是否会存在丢失,看一下文件大小是否一致 2、把命令贴出来看一下 3、有没有报错信息,是什么信息,贴出来看看

回答于 2017-04-14 10:13

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各位大神们,如何将tax4fun的功能基因进行分类汇总呢?

tax4fun 这个没有做过哦,对了邀请回答可以这样用,如下 不需要重新提问哦 谢谢

回答于 2017-04-12 12:56

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求推荐一个画pca图好看一点的R包

试试 ggfortify 

回答于 2017-04-11 13:04

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TCGA的bam和vcf下载

这个很难申请的,除非你有非常明确的证据证明你确实需要这个数据,不然基本上很难成功,所以建议你考虑找其他途径,比如找有账号或者数据的单位合作。 当然你也可以看看这个是否有用:https://www.shengxin.ren/article/26

回答于 2017-04-11 11:22