祝让飞的回答

祝让飞 - 生物信息工程师生信一期

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1139 个回答

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看一下你下载的数据是否完整，大小是否一致

回答于 2018-08-05 10:37

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你这里400多、300多应该是不同的平台数据，比如RNA-Seq、甲基化等，下载时可以分别下载 1万多例是所有的病例加起来的不是某个肿瘤就有这么多

回答于 2018-08-05 10:35

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TCGA的数据不是芯片的，没有探针标识符，大部分是测序数据

回答于 2018-08-05 10:33

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这是什么系统，这个路径不像windows的路径

回答于 2018-08-05 10:32

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可以使用简易GSEA工具来生成gct和cls，你就知道是什么样的了

回答于 2018-08-05 10:31

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counts数据不能用GSEA来分析，你可以使用FPKM或者TPM

回答于 2018-08-05 10:30

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1、怎么来考虑过滤这些基因:这个要视具体情况而定，核心参考标准是大部分基因表达没有什么变化（比如管家基因），想办法把这部分基因去掉。 2、保留多少个基因这个没有金标准3、60份样本可以放在一起分析

回答于 2018-08-05 10:29

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使用 genebank作为替代品

回答于 2018-07-31 07:45

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GDC的数据，使用GDC-API进行下载的,新版TCGA的数据都放在GDC上了

回答于 2018-07-31 07:44

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miRNA的数据本身就会存在较多的离群值，如果样本量较大的话，在做差异的时候可以不用去除，样本量较少的情况下可能需要单独考虑这些点

回答于 2018-07-26 11:12