祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期
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1139 个回答

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SRA的数据可以像GEO一样差异分析吗？有相关的工具吗？

SRA一般都是原始数据，你需要下载下来做一些比对之类的，之后定量，定量完了才能做差异分析

回答于 2018-01-29 13:03

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用简易下载工具下载miRNA Profiling（ISOFORM）后，合并文件提示...

用最新版的V10工具来合并就可以了，V10之前的都不支持isoform

回答于 2018-01-28 17:40

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聚类热图，用counts.merge文件经id转换的文件，结果显示

请详细列一下操作过程，及遇到的问题

回答于 2018-01-27 17:12

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rna seq counts数据，进行差异分析，需要归一化么？

不需要归一化，直接选择edgR之类的支持counts的方法筛选差异即可

回答于 2018-01-27 17:11

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转换器使用时如下，请问是为什么呢

先测试转换一下看看能不能转换，还有你这个文件有表头，所以需要勾选包含表头

回答于 2018-01-27 17:11

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GEO芯片数据转换器报错：数据解析错误

检查一下你下载的数据是否完整，可能存在数据丢失的现象

回答于 2018-01-27 17:09

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ROC曲线

这个包是需要设置时间的，比如五年，三年，十年得到的ROC曲线是不一样的

回答于 2018-01-27 14:28

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GEO数据转换器分析出两个表达矩阵怎样合并

目前不支持多平台的数据合并，这需要去除批次效应的

回答于 2018-01-27 14:26

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同样的文件，经工具盒里v8的简易转换和简易下载工具v8里面的ensg...

工具盒里的是最新的，新增了一些

回答于 2018-01-27 14:24

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TCGA的matrix.txt里面首列是EN开头的基因编码怎么转换成基因呢

使用 工具盒中的 便捷ID转换器 就可以

回答于 2018-01-23 09:55