祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

性别: 浙江 - 杭州 注册于 2017-03-25

偏执又爱折腾的精选伪IT男,求互粉!!! 招募医学数据分析朋友一起探讨肿瘤信息学,微信:13456826965

向TA求助
2272金币数
15620 经验值
441个粉丝
主页被访问 30390 次,10,5.10

1139 个回答

0 赞同

DEcenter中遇到的问题

提示很清晰,就是你的分组表格中有63个样本在表达谱矩阵中的ID对不上

回答于 2018-02-02 14:17

0 赞同

工具里 生存分析软件 的结果图如何具体分析和描述?比如下图的结...

我们跟据XX基因的表达对样本进行分组,选择表达量最高的X%作为高表达组,最低的X%作为低表达组,进一步做K-M曲线,我们发现他们具有显著的预后差异(logrank p=xxx)。

回答于 2018-02-02 14:16

0 赞同

老师您好,想请教您怎样从HMMER比对结果找到基因组全长序列,谢...

第三列就是在基因组上面的位置,你可以根据这个位置信息去基因组序列中提取

回答于 2018-02-02 14:13

0 赞同

counts文件经id转换器转换结果

这是正常的,因为你只转换了其中的一部分(编码基因),转换完成得到的就是编码基因的矩阵

回答于 2018-02-02 14:12

0 赞同

DEcenter差异分析的问题

软件右侧有选择差异分析的方法,你可以自己选择,软件本身不做归一化,需要自己先处理,工具盒中的TCGA数据归一化工具提供了常用的归一化方法

回答于 2018-01-30 11:17

0 赞同

关于差异表达miRNA靶基因预测

看看这里:https://www.shengxin.ren/article/270

回答于 2018-01-30 11:15

0 赞同

请问怎样通过cds序列比对得到其对应的基因组全长序列,谢谢

从比对信息中获取比对到的基因组位置信息,然后提取就可以了

回答于 2018-01-30 11:14

1 赞同

请问数据TCGA简易工具下载的miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling是...

miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling不区分的,isoform里有3p、5p数据,可用最新版的TCGA简易下载工具V10进行合并提取

回答于 2018-01-30 11:08

0 赞同

Positional Gene Enrichment analysis 怎么通过它提供Perl进行分...

下载脚本下来直接跑就行,自己电脑上安装perl及相关的模块

回答于 2018-01-29 17:06

1 赞同

TCGA生存分析时合并临床数据有问题?

你理解的没有错,综合days to death和days to follow up的,死亡的会登记在days to death,没死亡的登记在days to follow up,然后后面还会有follows_ups,这个相比于days to follow up是最新的,你可以以days to death和days to follow up为准,也可以以days to death和follows_ups_days to follow up为准,相当于存在两个...

回答于 2018-01-29 13:08