祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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1139 个回答

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请问KEGG中Gene set base的多个gmt文件有什么区别,谢谢

不同的gmt文件主要区别在于版本,还有就是有些gmt人工整理过

回答于 2018-01-06 18:43

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请问TCGA简易下载工具可以下载临床全部变量的数据吗?找不到,只...

有一个ClinicalFull按钮这个功能,里面有详细的临床资料,只是非常复杂几百列

回答于 2018-01-06 18:42

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基因名变换时R代码的问题

看看which里有没有匹配上的:

回答于 2018-01-06 18:41

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为什么提示我工具盒登陆失败。。账号和密码确认无误。我最先下载...

这都焦灼21个小时了,不知道还来得及救一下不,登录问题看这里:https://www.shengxin.ren/question/315 伪装license.user文件,免登陆

回答于 2018-01-06 18:40

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WGCNA数据input的goodgene

这个只能说最好是这样,并非一定如此

回答于 2018-01-06 18:37

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GEO dataset要下载哪个格式才能用小工具分析?为什么我一直下载...

下载这个,然后用GEO芯片转换器进行转换,就好了,国内大多数下载GEO都挺困难的,可以找朋友帮忙下载看看

回答于 2018-01-06 18:35

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geo数据转换之后怎么分析

这个问题太大了,建议你再看一些文章

回答于 2018-01-06 18:33

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GSE17328转换出的矩阵文件ID-REF不是gene

甲基化的芯片肯定转不了啊,一般甲基化芯片是按照cpg位点设计的,他更多的是对应基因组上的某一个位置,你非得对应到基因的话一般我们都是看基因启动子区域的甲基化水平,而不是基因上的甲基化水平 ,你得先理解甲基化与基因的关系。

回答于 2018-01-06 18:32

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为什么 基因的名称都是ILMN+数据,怎样可以显示原来的基因名

这个跟你导入的数据有关,你导入的数据本身就是这个ID,要选择gene名称,你需要将你自己的矩阵进行转换一下

回答于 2018-01-06 18:30

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关于TCGA下载工具lncRNA的count和fpkm

没有明白你的意思,counts矩阵和fpkm矩阵中的ENSG编号都是一样的,小工具有提供提取lncRNA和编码基因的功能,大约有一万八左右的编码基因和一万五左右的lncRNA,他是根据biomart进行转换的,不知道你纠结的点在哪里

回答于 2018-01-06 18:29