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disciplinant - 登山爱好者

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请问大神们,有没有什么网站可以查到某些蛋白的作用?

genecard(https://www.genecards.org/),基因名片,直接输入基因名称,里面有基因的所有基本信息,可以供参考。

回答于 2019-06-19 21:38

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TCGA数据库里要研究的肿瘤没有癌旁或者正常组织怎么办?

主要是结合你的要求吧,你的研究需要分组可以根据不同的临床参数特征分组,比如分期或者是否转移等。

回答于 2019-06-19 21:35

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TCGA-LAML和TARGET-AML有什么区别?需要合并一起分析吗?

是不同的数据库中的数据; TCGA现在的数据均收录在GDC中,而GDC同时也收录了TARGET数据库的数据,在GDC中可以通过GDC Data Portal 和 GDC Legacy Archive 这两种方式获得TCGA数据。默认情况下TCGA的数据检索和下载是通过 GDC Data Portal 方式进行的,是最新经过统一标准整理的,但有些数据还未开放。一般我们下载的是TCGA...

回答于 2018-12-21 17:04

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自己通过matrix文件筛选的差异基因分析结果和软件自动生成的代表...

可以参考祝老师的回复。https://shengxin.ren/question/1208

回答于 2018-11-29 15:50

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SangerBox下载TCGA转录本数据合并后癌症和癌旁组织区分

是的,跟这个barcode不一致,你可以根据最后一个字段数字来区分;10以内的为癌(如01),10以上的为癌旁(如11);供参考

回答于 2018-09-05 09:08

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还有人不知道新版工具盒的吗?

最主要的还是免费,哈哈哈。。。这一点也是非常值得称道的,软件好用,还免费,简直是天上掉馅饼; 其次,我主要是下载TCGA的数据,SangerBox和之前的基本上没有差别,用起来类似,只不过链接相应的数据后,会弹出分类对话框,可能对提高速度有帮助吧,一如既往的好用; 再者,火山图也很方便,参数调整等简便易行; ID...

回答于 2018-07-31 21:59

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盒子中的软件无法打开

有可能是路径的问题,你打开SangerBox,点击升级,看一下系统JAVA路径,如果是有更新过的,可以再通过“选择JAVA”再走一遍路径,没有更新就可以先更新一下。完了之后返回工具,应该就可以了,不行了再退出SangerBox重新启动工具盒或者重启电脑。我之前遇到类似的问题,后来摸索出来的。供参考。

回答于 2018-07-29 21:21

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TCGA里面成对的癌和癌旁组织

是的,聪明!

回答于 2018-07-29 21:17

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TCGA下载的是HTSeq-FPKM数据,不是counts数据,DEC分析时应该选...

FPKM需要转换为TPM,然后用limma方法进行差异分析。

回答于 2018-07-07 08:40

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怎么下载临床随访信息

用SangerBox里面的TCGA下载工具就可以啊,找到肿瘤类型,链接建立后,在弹出的数据类型对话框中,下拉选择临床随访信息,如下图1,选择XML下载(图2),合并。分析参考以下内容:https://www.shengxin.ren/article/209

回答于 2018-07-07 08:38