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510 个回答

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如何去查找 使用DECenter中edgR后针对性运行的代码呢?

edgR包自动处理counts数据,然后进行差异分析。 进行生存分析:1、TCGA数据可以直接下载FPKM;2、GEO数据可以从原始数据开始进行标准化RMA或者其他的方法;3、自己测的数据转成FPKM根据公式自己编写个程序。 也可以用工具盒里面的简易标准化工具

回答于 2019-01-21 11:47

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GEO芯片LncRNA重注释

理论上来将是没有问题的,需要注意的就是gff3文件格式要跟教程一致,不然提取不出lncRNA

回答于 2019-01-21 11:34

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用heatmap一步一步做的图,全是绿色的?

你的这个可能用工具盒不太好调整,你看下这个文章https://shengxin.ren/article/107 按照步骤一步一步就可以美化了

回答于 2019-01-21 11:33

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WGCNA 尚未运行完毕,请稍后再试!

这个是WGCNA包没有安装成功,解决办法两种: 第一,工具盒内置R,一键同步R包; 第二,打开工具盒路径下的R,安装好WGCNA包。

回答于 2019-01-21 09:43

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点击启动后提示找不到JAVA虚拟机,选择系统JAVA在哪里?谢谢!

https://shengxin.ren/sxrpost/wxpayGet?sid=139 看下这个视频

回答于 2019-01-17 10:20

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请问数据合并异常,数据格式不支持,你怎样解决这个问题的

你合并的数据是哪种

回答于 2019-01-17 10:18

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geo的临床信息怎么获取?

你下载mini格式,转后后会有一个SamXXX开的文件里面有这些信息

回答于 2019-01-15 16:11

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一键式WGCNA安装时总是提示需要安装R,已经安装了呀

首先你把工具盒一定要解压出来,然后再配置R和Java路径

回答于 2019-01-15 09:36

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生信盒子生存分析工具使用不了

这个并不是工具用不了,而是这个数据没有进行过标准化,导致得没有结果

回答于 2019-01-15 09:33

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TCGA数据移除批次效应

老版本的TCGA数据里面有这些信息,新版本里面没有这些信息了,办法就是去下载比较早的版本

回答于 2019-01-10 15:16