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TCGA数据分析
1、如何区分癌与癌旁前看这篇文章https://shengxin.ren/article/45 2、分类文件是你自己来定义，比如癌与癌旁或根据某一特殊基因的表达量高低 3、SangerBox配置教程请参考https://shengxin.ren/article/364 希望能帮助到你！！
回答于 2018-07-31 21:13
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盒子下载的TCGA分析
1、level3的GDC数据，使用GDC-API进行下载的； 2、下载count数据用DESeq2或degR；下载FPKM可以转成TPM在进行差异分析。
回答于 2018-07-31 19:33
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下载TCGA的mRNA数据，里面很多数值是什么
首先，你下载的是哪种数据分为count、FPKM和FPKM-UQ三种，count数据是没有经过任何处理，只是测序数据比对到转录本上的技术，FPKM和FPKM-UQ是经过处理，二者的计算公式不同，公式在谷歌上就能搜到，通常用FPKM就可以；里面的数据就是这个样本在这个基因上的表达量，就是表达情况；做相关性分析可以直接用这个数据，也可以进...
回答于 2018-07-30 09:11
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