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3 请问临床数据中有很多，NX,MX等，都表示情况不明吧？那是否可以把X与not avilabel合并呢？都是不明确的意思是吗？谢谢啦

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TCGA CNV数据中的sample 标号跟 患者信息中的BARCODE 怎么对应啊，求大神赐教。

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学习了大神的文章《TCGA CNV全攻略》，以下一段代码总是提示“unexpected numeric constant in "wget -c -r -np -nH -k -L --cut-dirs 6"”，我想我哪个地方出了错误，请赐教

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求大神指导怎么操作，稍微具体点

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TCGA小工具合并文件功能

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5 临床信息下载clinicall full 之后，怎样与标本的表达量的那份文件进行快速匹配？

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  • gy 2017-08-07 10:32

merge_matrix 里面有60490行，但是转换之后就24993行，是有些ENGS没对应到基因吗？还是有一对多的关系？那V6默认算的是均值吗？最后还想问问ENGS对应的基因这个数据是在哪里下载的

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5 有关GSEA软件分析

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TCGA小工具下载临床信息，clinicall full 之后，怎么查找每一行信息对应的样本编号

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10 求助一个汉化版的MAPQTL4，或者中文的教程

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3 子宫内膜癌和脑胶质瘤的TNM分期无法获取

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大神，有个问题是Merge_matrix.txt.cv和Merge_matrix.txt.cv.lnc两个文件里的基因数分别为24992、14448，而Merge_matrix里面的基因有60484个，多出来的2万多个基因是什么意思，我是用小工具下载的乳腺癌的RNA-seq数据，这些数据应该是只有人的，没有其他物种的吧

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请问使用小工具下载了乳腺癌的RNA-seq数据，合并、ENSG-ID转换之后，Merge_matrix文件里面的KEY（如：ENSG00000167578.15）如何转换为常用的gene symbol？还有就是ENSG00000167578.15这代表的是TCGA里面的gene ID吗？

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RNAseq数据经过hisat2、stringtie处理后的如何得到一张二维表，方便之后作分析、画图

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