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TCGA简易下载工具 缺少TCGA-COAD数据集

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ICGC数据库提取的normalized_read_count数据是怎么算出来的？要做差异的话是，可以直接用limma包吗？还是用DESeq2或者edgeR？为什么？

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3 求seqmap序列比对工具（64bit）,谢谢大佬

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  • yuyi 2020-09-24 23:49

3 如何上interdom蛋白质结构域数据库

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TCGA数据下载工具

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TCGA下载的RNA-seq数据（TXT），如何根据JSON患者数据合并

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已经按照教程设置了java和R，但是点击“工具”中的内容无响应

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多肽药物，什么是多肽药物

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做了一次mRNA-seq和一次lncRNA-seq，同样的空白，模型，药理处理的方式，两者的差异基因数相差很大（比如mRNA-seq的模型vs药理有100和差异基因，而lncRNA-seq有1000个）--单纯比较mRNA的差异基因）

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10 做了一次mRNA-seq和一次lncRNA-seq（不同时间段做的），共有3组（空白，模型，药理），发现两次结果的差异基因数差别很大（仅统计mRNA数据），即（mRNA-seq测得的模型和给药组的差异基因数50个，而lncRNA-seq测得的差异基因数为1000），请问下一步应该怎么办，不知道哪次的结果是正确的，困扰了我大半年了，希望好心人帮助我解决这个难题，不然没法毕业了

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3 请问样品相关系数用的基因原始数据，是否要取log2

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3 BRIG做基因图不显示环

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5 miRNA数据合并后有两个文件：miRNA Profiling.isoform.merge.count.txt和miRNA Profiling.isoform.merge.txt，如何选择使用呢？

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在线ID转换工具转换的TCGA数据转换后的基因是不是包含长链非编码RNA？

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6 Sangerbox网络版WGCNA分析第一步点提交只运行出一个run.log文件，没有结果是咋回事

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3 miRNA数据合并后有两个文件：miRNA Profiling.isoform.merge.count.txt和miRNA Profiling.isoform.merge.txt，如何选择使用呢？第一个是count数据，后面那个是什么数据格式呢？RPM还是FPKM呢？

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