TCGA同一肿瘤的不同样本（癌旁/患者）测得的miRNA数目不一样（比如KICH肿瘤中有1770个miRNA，癌旁样本中有1610个），而且它们的并集miRNA数量也小于miRBase中的成熟体miRNA数量，想问一下，那些没测得的miRNA是因为表达量为0还...
我在文献中看到有人根据TCGA数据分析了肾细胞癌的测序信息，得出了3号染色体拷贝数下降的结果。请问这种结果是怎么得出的呢？谢谢老师。 附文献中的原文：doi:10.1038/modpathol.2017.72 “An additional 143 were found to have a 3...
如何处理TCGA中原始数据中的缺失
TCGA=matrix(as.numeric(as.matrix(GeneExp)),nrow=nrow(GeneExp),dimnames=list(rownames(GeneExp),colnames(GeneExp)))> TCGA=averegs(TCGA)Error in averegs(TCGA) : 没有"averegs"这个函数请问您这是为什么呢？
我从Broad institute上分别下载了miRNA数据和临床相关数据两个txt文件，首先我利用R包对miRNA分析后得到了一百多种差异表达miRNA，现在想提取病人基本的临床信息，以行生存分析和相关分析检测，但是前面下载的临床数据文件内容...
我参照这篇文章（https://shengxin.ren/article/208）下载肝癌的RNA-Seq数据时有一些问题想请教一下 1.这个下拉菜单栏里面有好几个选项，请问有什么区别吗？ 2.我选择了HTSeq-count(424)下载后，发现里面全是压缩包格式的文件，然后我通...
，有些值不是整数是神马意思 谢谢！！！
请问数据TCGA简易工具下载的miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling是否区分3p和5p序列，如果不区分的话，那我要做mirna和靶基因的负相关性，只能用miRNA Profiling的数据吗？miRNA Profiling（isoform）是否有3p和5P的数据？miRNA Profiling（isoform）是否有3...
如题。。。到底是抑癌还是促癌呢？