安装应该是没问题，使用getTCGA调用数据时出现问题，我也百度搜索过可能是Linux系统和win7系统兼容性问题导致的，又安装了Cygwin这个软件包，并且用Sys.setenv函数设定了环境变量，再执行getTCGA语句还是出错。R语句和执行结果如...
...片表达基因计算的。芯片的数据我是直接拿来做输入的，tcga mRNA数据我不知道应该输入counts，FPKM还是TPM？ GeneSymbolB_cellsT_CD4T_CD8T_gamma_deltaNKMoMaDCgranulocytes MARCH1 172.250 7.960 9.070 8.330 8.260 345.170 61.730 A2M-AS113.090 29.750 270.020 147.540 1...
1. 检测肿瘤组织EFNA1的mRNA表达水平，分析EFNA1-mRNA与肿瘤转移，发现转移组EFNA1-mRNA表达低。 2.分析转移和患者预后关系，发现转移组生存率低 3.分析肿瘤组织EFNA1的mRNA表达水平（四分位数，小于1/4数的是低表达组，高于 3/4...
...后预测。 1) TP53 突变分析：所有的TP53突变从TCGA PanCanAltlas上下载。其中非同义错义突变、插入和缺失等被看做真正的TP53突变。 2) 整合TP53突变和拷贝数数据，评估TP53等位基因状态。 3) 分析p53 RNAseq...
.../ 1、GEO转换器： 教程：https://www.shengxin.ren/article/135 2、TCGA_ID转换器： 教程：https://www.shengxin.ren/article/126 3、聚类热图绘制工具： 教程：https://www.shengxin.ren/article/165 4、批量做生存分析工具 教程：https://www.shengxin.ren/article/14...
使用TCGA简易工具下载breast的solid tissue normal的CNV数据，里面分为grch38.seg.txt和nocnv_grch38.seg.txt，想问一下这两个格式的文件有什么区别？我想做一个不患乳腺癌的reference，需要用到什么文件呢?
为了方便平时的各种ID转换，工具盒里提供了便捷式的转换工具，主要提供两种方式 1、TCGA的RNA-Seq转换，内置TCGA RNA-Seq数据的ID对应关系无需导入背景文件的转换方式 2、自定义的转换方式，适合GEO的数据的转换
...tcomes；2018.18； Cancer； IF:6.162】 在这项研究中，作者从TCGA等获得了包括PTC癌旁组织在内的大规模表达数据，使用基于去卷积，非负矩阵分解，以及免疫组化等手段对PTC进行了全面精细的刻画。 1.公开PTC转录组数据： 1）作...
祝老师 您好 我想请问为什么我在TCGA上下载的转录组数据合并之后打开tag那一行全都是MMRF_2106-null MMRF_2122-null MMRF_1593-null 这一种 这种类型的我无法判断是肿瘤还是正常组织？请问 是我哪里出错了吗 期待您的解答 谢谢