差异分析 - 生信人

差异分析

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任美玲 2018-07-13 10:55:15

用TCGA小工具下载mRNA-seq表达数据，需要做批量生存分析和WGCNA,我看范例文章内都是下的FPKM,但我下载了FPKM数据，后期我又要做表达差异，需要用（DEseq）edgeR语言分析，又需要count数据，难道我还要再下载一次count数据吗？可以直接用DEseq工具分析FPKM数据吗？

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海拔 2018-07-13 10:54:44

您好，非常感谢您回答我提出的关于使用哪种RNA数据进行分析更好的问题，我想再请教一下：如果我进行癌和癌旁差异性基因的分析，那应该是用哪种数据合适呢？是cbioptotal处理后的rsem数据还是用TCGA简易下载工具下载的三种（ count，fpkm，fpkm-uq）中的哪种呢？

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qiao1138 2018-07-12 12:28:45

GEO芯片数据转换器导出的样本信息没有分组，数据信息也没有提到分组，该如何做差异分析呢？

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qiao1138 2018-07-12 08:23:41

为什么GEO数据库用DECenter做差异分析出来的结果和别人实验验证的结果相反呢？分析出来是下调基因，而别人验证是上调基因。

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大吉大利！ 2018-07-08 19:33:33

如何比较两组不同病人中某一已知基因表达差异

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qiao1138 2018-07-03 08:56:48

用GEO2R在线分析结果准确吗？同一个数据集为什么每次分析的探针数量都不一样？

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disciplinant 2018-06-05 22:10:06

DECenter分析miRNA profiling isoform数据异常

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ponderinglu 2018-01-07 11:40:55

DECENTER处理数据时提示不能分配大小为115.8的向量

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果果 2017-08-21 13:57:38

求GEO数据库基因芯片数据下载步骤和差异基因分析

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