差异分析 - 生信人

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limma快速差异分析工具

当我们拿到表达谱数据之后，做差异分析之前，有两个关键信息需要确认，一个是数据类型（芯片数据、FPKM、TPM、Count）,一个是哪些样本作为参照物，哪些样本作为处理组样本，也就是谁相对于...

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admin 发布于 2021-08-19 11:49

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转录组Count数据差异分析工具

当我们拿到表达谱数据之后，做差异分析之前，有两个关键信息需要确认，一个是数据类型（芯片数据、FPKM、TPM、Count）,一个是哪些样本作为参照物，哪些样本作为处理组样本，也就是谁相对于...

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admin 发布于 2021-08-19 11:40

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快速差异分析工具——limma包

limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。

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欢乐豆发布于 2020-05-26 19:47

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limma快速差异分析工具！

limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。

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柚子发布于 2020-05-26 11:53

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limma的两个弟弟：edgeR和DESeq2

01 — 研究背景上一篇公众号我们为大家详细的介绍了R软件包limma筛选差异基因，limma包做差异分析要求数据满足正态分布或近似正态分布，如基因芯片、TPM格式的高通量测序数据。随着高...

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柚子发布于 2020-05-26 11:09

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零代码对不同类型的RNA Seq数据进行差异分析

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要讲解TCGA中不同类型RNA-Seq数据差异分析方法。

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调研图发布于 2018-11-16 13:31