KEGG - 生信人

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分享一段从KEGG通路中提取基因互作数据的R代码

从KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）网站上获得差异表达基因所富集通路的XML文件。使用R包XML提取这些XML文件中的relation，entry和group关系。然后利用脚本组合它们从中提取其...

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做组学离不开KEGG，离不开KEGG通路的标记和富集，KEGG通路图定制化绘制工具支持在KEGG 通路中任意标记你的目标基因及任意颜色

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解读今年三月份发表在《Oncotargets & Therapy》（影响因子2.612）一篇基于GEO数据库挖掘卵巢癌差异表达基因和信号转导通路的整合生物信息学分析文章。文章思路： 1、使用三套GEO数据；...

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在组学的文章中经常会看到各种KEGG Pathway，上面的基因经常会被标记成不同的颜色，而不同的颜色代表基因的不同的差异水平，那么除了公司流程中能够将KEGG pathway的基因标上去颜色之外还有什么工具也能方便的标记呢，事实上这是一个数据可视化的过程，在做科研的过程中常常存在不同的需求