miRNA与lncRNA的关系网络构建

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要lncRNA与miRNA的关系对构建。

上一节课主要讲解mRNA与miRNA的关系对构建,这节课我们延续上一节课讲解lncRNA与miRNA的关系对是如何构建起来

ceRNA关系对中miRNA与mRNA的关系已经确定,那么接下来就是miRNA与lncRNA的关系对,以及怎么构建mRNA-miRNA-lncRNA的三元ceRNA网络

首先是miRNA与lncRNA的关系通过DIANA-LncBase数据库中获取,这个文件我们已将下好,大家可以点击一下链接获取

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同样是差异miRNA与差异lncRNA关系对确定

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接下来就是ceRNA网络关系确定

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最后是通过cytoscape将三元网络可视化attachments-2018-11-RBiXX8kR5bee674202288.png

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那么到此为止,我们的ceRNA初步网络模型已经构建成功,下一节将讲解如何美化得到的ceRNA网络模型。


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  • 发表于 2018-11-16 14:48
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  • 分类:基因组学

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