用TCGA数据不用编程轻轻松松构建CeRNA网络

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类,想必大家已经对它并不陌生,特别是做肿瘤方向。

CeRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。

本期视频介绍通过TCGA数据不用编程构建CeRNA网络。

首先,这个绝对是新收的福利,主讲老师非常细致讲解TCGA上面的数据类型,可谓是多年的经验总结。

一、数据挖掘系列之二之如何构建CeRNA网络

TCGA数据讲解完毕,那么接下来就是对本次课程需要用到的数据准备工作,也就是预处理的过程。

二、CeRNA网络构建—数据预处理

数据已经准备完毕,mRNA、lncRNA、miRNA这么多全部用来分析很不现实,那么针对不同的RNA-Seq数据类型使用怎么样阈值和统计学方向筛查差异降维

三、CeRNA网络构建—不同类型RNA数据的差异基因筛选

mRNA、lncRNA、miRNA经过差异分析降维后,miRNA与mRNA二元关系,miRNA与lncRNA二元关系以及mRNA-miRNA-lncRNA的三元关系筛选的方法

四、CeRNA网络构建—miRNA与mRNA互作关系

五、CeRNA网络构建—miRNA与lncRNA互作关系

我们的三元网络已经构建完毕,这个节点密密麻麻太多,进一步分析降低节点方式,更为一目了然的挑选关键lncRNA、mRNA和miRNA

第一种方法是保留mRNA、lncRNA与miRNA均呈现负相关的关系对

六、CeRNA网络构建—相关性方式优化

第二种方法是通过筛选与生存相关的lncRNA、mRNA、miRNA根据这些进行网络构建,并通过MRE算法进行优化

七、CeRNA网络构建—生存分析和MRE优化

   

    到此为止,本次GEO数据数据挖掘系列之一已完结

    各位看官们儿,敬请期待我们下期视频《零代码教你分析WGCNA》!!!

    喜欢的别忘记点赞哦!!!






  • 发表于 2018-11-23 18:02
  • 阅读 ( 216 )
  • 分类:基因组学

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