CeRNA终篇-生存分析优化CeRNA网络
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。作为本系列的最后一讲，给大家介绍工具盒中批量生存分析和MRE统计算法，对ceRNA网络进行最后优化。
上一节已经讲解通过相关性进行ceRNA剪枝，那么接下来本节课首先讲解如何批量做生存分析，并且通过与生存分析方法进一步优化ceRNA网络，最后通过统计学方法确定具有意义的关系对。
1、ceRNA网络中miRNA、lncRNA和mRNA与OS相关分析
2、通过批量生存分析工具对ceRNA网络中的RNA进行分析，保留与生存相关节点，进一步减少网络中的位点
3、经过层层筛选后保留的位点可靠性越来越高，目的也是越来越清晰
4、最终网络中只有少量三元关系，还有一部分二元关系，那么这些就是我们重点关注对象，可以进行实验验证等操作，如果验证结果呈阳性那真的是爽翻天。
5、最后就是三元关系对中出现一个lncRNA-miRNA-mRNA（很多），那么具体要怎么确定具体lncRNA与哪个mRNA存在关系呢，这里就需要用到统计学方法了
到此我们ceRNA网络构建到此结束，后面确定ceRNA网络，后面分析就是功能富集或者实验验证。
- 发表于 2018-11-16 17:30
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- 分类：基因组学
