祝让飞的回答

祝让飞 - 生物信息工程师生信一期

偏执又爱折腾的精选伪IT男，求互粉！！！招募医学数据分析朋友一起探讨肿瘤信息学，微信：13456826965

向TA求助

2272金币数

15620 经验值

441个粉丝

主页被访问 30388 次,10,5.10

1139 个回答

0 赞同

目前没见过什么靠谱的计算方式，T检验+foldchang

回答于 2018-04-28 11:16

1 赞同

使用蛋白互作网络，通过临近节点往外扩展，找最短路径试试

回答于 2018-04-28 11:14

0 赞同

这思路可行，只是如果共同的DEGs很多的话（比如几百个），你要一个一个验证吗？验证出来差异之后不做一些功能吗？体内体外实验都要做吗？

回答于 2018-04-28 11:12

0 赞同

有一种万能解决办法，就是稍微复杂一点，你下载GEO 的matrix文件，他是一个矩阵文件，可以用Excel手动从里面把样本信息和表达谱分开，然后下载你那个GEO对应的平台注释文件，然后再使用便捷ID转换器，以平台注释文件为背景文件，把探针表达谱转换成基因表达谱

回答于 2018-04-28 11:11

0 赞同

确定工具盒文件夹名称是否是中文

回答于 2018-04-28 11:08

0 赞同

理论上是可以的，不过没有试过

回答于 2018-04-28 11:07

0 赞同

检查你工具盒的路径和文件夹名称是否存在中文或者其他特殊字符

回答于 2018-04-28 11:06

0 赞同

你的差异阈值设置的太高，以至于找不到差异的基因，可以降低一点差异阈值

回答于 2018-04-28 11:05

0 赞同

CNV的数据目前不支持合并的，需要你自己处理

回答于 2018-04-28 11:04

0 赞同

可以，不过这里面的数据是前体miRNA的表达谱数据

回答于 2018-04-28 11:04