祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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1139 个回答

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小工具下载

应该是百度云链接过期了,建议使用工具盒

回答于 2018-03-19 19:12

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DEcenter分析TCGA miRNA差异表达是无反应

应该是在 下载相关的R软件包,稍作等待即可

回答于 2018-03-19 19:11

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lncRNA测序数据分析结果中都是以TCONS_XXXXX命名,怎样能够将名...

索要对应版本的gtf文件,自己写脚本进行转换就行

回答于 2018-03-19 19:10

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不常见芯片平台GPL6604

你这是甲基化芯片,按照甲基化的数据处理方式来就行,看探针相对于基因的位置来确定基因的甲基化水平

回答于 2018-03-19 19:09

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tcga数据计算生存期,是下载counts,还是HTSeq-fpkm

FPKM ,建议转换成TPM更好

回答于 2018-03-19 19:08

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你好,求助TCGA生存的问题

以死亡的为准啊,死了肯定没有随访了,随访的时间肯定是小于等于死亡的时间的

回答于 2018-03-19 19:07

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tcga批量生存时间计算,表达数据归一化后值比较大的指标,为啥算...

数字大有可能在运算是容易出现位溢出,你可以整体缩小X倍;Cox是比例风险模型,等倍数增大或缩小不影响结果

回答于 2018-03-19 19:04

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你好,我用cox分析做 批量生存,运行到2826个基因时,总是卡在,...

把工具盒的页面给关掉就好了

回答于 2018-03-19 18:57

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用简易TCGA下载COAD的RNA seq合并时间非常久,死机

需要合并的样本量太大,你的电脑内存不足,建议使用最新版的TCGA下载工具进行合并

回答于 2018-03-19 18:55

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GEO中表达类型为Expression profiling by array到底是DNA还是RNA...

一般情况下探针都是RNA水平的,要筛lncRNA有两种方式 一、从GPL570的平台注释文件中寻找lncRNA 二、拿探针序列去做重注释

回答于 2018-03-13 13:24