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survivalROC包做时间依赖性曲线时，3年，5年，10年的定义值的含...
三年，五年，和十年分别是考虑的随访时间截止，比如使用三年作为预测终止时间的话，所有活了超过三年都认为是活的（包括三年之后死的在内），以此类推。生存时间40个月，取三年的时候他是或者的，取五年的时候他是死的
回答于 2018-04-28 11:03
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TCGA的表达谱数据是在手术后化疗前测的吗？
可以从样本的临床信息中获得病人的治疗方式，并不是所有病人都做化疗，也有手术，一般列了化疗的基本上就是化疗后测的。
回答于 2018-04-28 11:00
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tcga RNA-Seq数据为RPKM，不是FPKM，可以用RPKM算生存期，差异表...
FPKM 和RPKM是双端测序和单端测序的区别，计算方式是一样的，TCGA上的是FPKM，没有RPKM;而TPM是通过FPKM转换之后的，类似于做了标准化。 至于差异分析和生存分析没有金标准，都可以用，如果是TCGA的数据的话建议使用TPM
回答于 2018-04-28 10:57
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为什么在TCGA简易下载工具下载的mirna数据合并后找不到了，而且...
合并后肯定是能找得到的，你看看是不是记错保存的目录了，数据归一化可以选择多个文件或者矩阵
回答于 2018-04-02 21:12
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下载的文件合并后，进行归一化处理，非TCGA为什么不能转换成TPM...
转换TPM这个功能目前只支持TCGA的未经处理的FPKM，如果你不使用这个功能只想使用软件的其他归一化方式的话直接忽略即可
回答于 2018-04-02 21:11
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