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用GEO芯片数据转换器得到的matrices，还需要预处理吗，还是可以...
这个要看你下载的数据的描述，如果已经标准化过了就可以直接用limma，一般情况下都是标准化过的
回答于 2018-03-12 09:11
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GEO芯片转换器为什么显示导入格式有问题呢？
你手动试一下你的压缩包能不能正常解压，这是一个常见的问题，在国内很多网络访问GEO都不太稳定，下载下来的数据经常存在丢失的情况，如果不能正常解压你需要重新下载
回答于 2018-03-12 08:31
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差异表达分析结果与生存分析结果不一致
这种情况在数据数据分析时也经常遇到，这种基因存在两种理解 1、他在差异和预后的结果中有一个结果可能是假阳性的 2、在在癌症发生早期表达发生了变化，而在癌症发展过程中变化并不明显 3、这个基因的高表达与癌症的发生有关，低表达与癌症的发展有关，这说明这个基因并不是单独起作用的，有可能是被动调控的。
回答于 2018-03-12 08:28