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请问用TCGA数据库简易工具下载数据和做生存分析，写文章在方法学...
下载工具下载的数据直接描述：下载于什么时间，使用GDC API就OK 生存分析直接写 R就行
回答于 2018-02-27 11:29
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便捷ID转换器把THSeq转换LncRNA.
还有部分ENSG开头的是因为这部分是目前比较新的lncRNA，还没有一个公认的命名方式，所以便于识别就使用原始的ENSG了
回答于 2018-02-27 11:29
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拿到一个实验数据 如果了解它的特点 如何确定它最适合的分析模块...
哪部分课程都不行，建议你先拿数据找个专业的人咨询一下，或者自己找找文献看看，有分析思路，再根据需要分析的内容去选择相关的课程，不然看完也是一脸懵逼，浪费了宝贵的时间
回答于 2018-02-27 11:07
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请问生信小工具中的id转换工具中的id数据文件是在哪得到的？
你可以参考一下这个答案：https://www.shengxin.ren/question/23 然后生信人直接从gtf文件中提取得来的
回答于 2018-02-27 10:15
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如果要比较T vs NT某基因表达量的差异，应该用FPKM还是FPKM-UQ
简单的理解： 1、FPKM 是原始的 2、FPKM-UQ 是使用上四分位数（75%）来对数据做标准化 也就是FPKM-UQ是做了矫正的，矫正方法如下： 每个基因的FPKM的计算是： 基因A的FPKM=比对到基因A上的reads数目*10^9/(基因长度*比对到所有基因的reads的总和) 那么FPKM-UQ的计算方式与FPKM的不同之处在于没有除以“比对到所有基因...
回答于 2018-02-22 22:35
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请问有没有生物信息学的方法可以用于找已知基因的互作基因(蛋白)...
你可以从两方面来做： 1、通过已有蛋白互作数据库中的互作数据筛选与这个基因具有可能互作的基因 2、通过基因表达的相关性，在多个转录组数据集进行计算他们的相关性，选择相关性高的基因 3、前两步的交集
回答于 2018-02-22 22:23