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怎么做单基因的癌和癌旁差异分析？
如果只做单个基因的话我建议你选择下载FPKM的，然后转换成TPM,最后将你要的那个基因在各个样本中的表达水平复制出来，然后直接用graghpad画图并使用秩和检验或者T检验完事
回答于 2017-11-16 21:10
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TCGA RNA Seq的R包分析选择？
1、筛选差异的话可以使用DECenter,counts数据无需标准化直接使用edgR，fpkm的话可以先转TPM 2、如果筛选差异简单点的话直接用count 然后使用edgR就好，后续要继续分析的话用FPKM,我习惯先转成TPM，此时用T检验都行，FPKM-up没有用过 3、如上 4、不同的数据的话结果肯定是不同的，不过一般大部分差异基因都是一样的，你可...
回答于 2017-11-16 21:07
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为什么工具下载的TCGA RNA-seq 以及 miRNA-seq 只有癌症样本，...
如果TCGA本身没有正常样本的数据的话是无法下载的，你检查一下小工具下载的右上角有没有勾选，可以 把所有的勾选都去掉试试
回答于 2017-11-16 21:02
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批量生存工具的结果数目问题
1、你的另外五个miRNA的表达比较诡异，可能存在较多的0，或者数值区间特别大，比如零到几千的，你可以尝试整体取个log(x+1) 2、你的电脑字体比较大，可以尝试调一下电脑分辨率，将软件界面拉大一些试试
回答于 2017-11-15 09:58