祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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小工具下载的甲基化数据怎么看?没有基因名字的吗?

甲基化本来就是发生在基因组的cpg位点上的,在基因启动子区域存在多个cpg位点,这些地方的甲基化高低影响基因的表达,你截图中的第一个每一个都表示一个cpg位点,你可以打开你下载的数据中的任意单一的文件中有这个cpg位点在基因组上的信息(包括基因)。

回答于 2017-10-09 09:42

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您好,请问怎么做predictor score!

这个代码目前倒是不方便分享,但是可以给你一个思路 此图共有三部分,可以分开绘制三个图然后用AI拼在一起 横轴是按照predictor score从小到大排序的对应样本顺序,三个图都如此 A图:即一个散点图而已 B图:也是散点图(横轴固定的样本顺序) C图:一个热图(横向固定的样本顺序),对行做了z-score和聚类 那么predi...

回答于 2017-10-08 15:09

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火山图软件做不出来图,是什么原因

你的列没有选对,这里需要选择logFC列和adj.p列的,从你的截图中来看你的1009-2.txt这个文件应该是csv格式的。不是表格格式,也就是说他不像Excel那样一列一列的,你可能需要手动转换一下,有两种方式 一、替换文件中的,为tab 二、用Excel打开选择,分列,然后再另存为另一个txt,然后导入到软件,再选择对应的列画图即...

回答于 2017-10-08 15:03

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获取TCGA RNA-Seq后如何分离mRNA跟lncRNA

使用 TCGA简易下载工具的 ENSG_ID转换功能自动分离编码基因和lncRNA

回答于 2017-10-08 11:01

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样本过多内存不够,我把下载的文件分成2个文件夹放,单独合并,...

看看fileID.tmp文件 需要分割一下,每行代表一个样,需要合并多少个样本就用多少行,当然样本要对应

回答于 2017-10-06 10:37

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GEO 下载工具输出的表达值是经过normalized 吗?使用limma分析还...

已经经过标准化的话,可以直接用limma的

回答于 2017-10-06 10:35

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请问E-MTAB里的数据如何下载,谢谢

直接点开就可以看到下载链接

回答于 2017-09-30 19:52

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下载工具样本命名方式

可以看做技术重复

回答于 2017-09-30 19:50

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HeatmapCluster 绘制热图遇到问题

这个是64位版本的,请下载32bit版本的:http://gap.shengxin.ren/tool/3/

回答于 2017-09-29 10:52

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我从你们网站上下载的“GEO转换器”显示是win64位,我的电脑是win3...

找一台Win64位的电脑先顶一下,后续会推出32位的

回答于 2017-09-29 10:42