祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

性别: 浙江 - 杭州 注册于 2017-03-25

偏执又爱折腾的精选伪IT男,求互粉!!! 招募医学数据分析朋友一起探讨肿瘤信息学,微信:13456826965

向TA求助
2272金币数
15620 经验值
441个粉丝
主页被访问 29217 次,10,5.10

1139 个回答

0 赞同

DAVID中结果出来了在哪里查看上调基因、下调基因、肿瘤相关基因

1、找到你感兴趣的GO或pathway,比如你要找肿瘤相关的,那就找肿瘤相关的通路 2、在你感兴趣的pathway中找出你的输入基因 3、这些基因的上调、下调你自己本来就知道

回答于 2017-09-15 11:33

0 赞同

HeatmapCluster工具使用案例具体操作问题

你的的这个矩阵有六万行几百列这么大的矩阵做聚类的话肯定内存不够的,并且你这样聚类出来的热图也没有什么意义,你可以选择其中一部分基因的表达谱来做聚类热图,这才是正确的姿势。

回答于 2017-09-13 15:12

0 赞同

gdc-client 在linux上运行失败,请问是什么原因?

GLIBC库版本可能需要升级,找管理员升级一下GLIBC

回答于 2017-09-12 11:47

1 赞同

WGCNA分析

从你的图一中来看这两个模块与NFT相关性都不算高,显著性也就一般,建议你两个模块都选

回答于 2017-09-12 09:29

0 赞同

我用TCGA简易下载工具下载数据,临床数据可以下载,RNA-seq数据...

最近墙有点高,TCGA官网不稳定

回答于 2017-09-11 14:47

0 赞同

HT-Seq counts 用limma筛选的差异基因,差异基因做WGCNA用FKPM数...

直接用差异基因的FPKM做WGCNA是可以的

回答于 2017-09-11 09:42

0 赞同

新人,在做RNA-sequence 的差异分析的时候,下载的数据是FPKM的...

fpkm可以用limma或者直接T检验

回答于 2017-09-10 17:59

0 赞同

关于clusterprofiler包的问题

1、详细检查参数集那个gene是否是 ENTRZ ID 2、可能你的那些ID并未在kegg中收录 3、网络问题 

回答于 2017-09-10 14:28

0 赞同

求如何对矩阵取子集做热图

用Excel筛选不就可以么

回答于 2017-09-10 14:26

0 赞同

所有的小工具都提示我登录失败,请问是什么原因呢?

看这个答案:https://www.shengxin.ren/question/229

回答于 2017-09-10 14:25