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如何用R语言做综合2或3个基因的生存分析（TCGA数据）？
sigExpressionProfile <- profile[, sigIds]fmla <- as.formula(paste("Surv(time, status) ~", paste0(sigGenes, collapse = "+")))cox <- coxph(fmla, data = sigExpressionProfile)coef <- cox$coefficientsriskScore <- as.matrix(sigExpressionProfile) %*% coef 解释： sigExpressionProfile 表示一...
回答于 2017-09-21 14:03
通过简易下载器下载了TGCA的ClinicalFull_matrix.txt，怎么分析...
这个跟你的问题对胃：https://www.shengxin.ren/article/145
回答于 2017-09-19 15:50
TCGA下载工具检索的RNA-seq-HTseq-FPKM与RNA-seq-HTseq-FPKM-cou...
看这里：https://www.shengxin.ren/question/20
回答于 2017-09-18 15:22
TGCA下载的ClinicalFull_matrix.txt下来的哪一列代表生存时间？
follow_ups-follow_up 为随访记录，一般不作为最终的生存时间，你找找看有没有单独一列vital_status，一般以这列为最终的生存状态，然后其中有对应的OS,如果最终状态是Alive时，再去follow_ups里面找随访时间
回答于 2017-09-18 15:21
GSE100878 这个为什么用GEO转换器导不出数据，只有样本信息的，...
你这个数据属于Illumina HiSeq 2000测序数据，并非芯片数据，解决办法是： 下载以下数据即可得到表达谱：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE100nnn/GSE100878/suppl/GSE100878_Breast_Cancer_cell_lines_FPKM.txt.gz
回答于 2017-09-15 20:12