你第四列的5 ng/ml human recombinant BMP9 for 24hrs 带有和路径类似的字符/ 你换成简单的分组信息就好了
回答于 2017-10-16 07:54
GEO芯片数据分不同的平台,mRNA和lncRNA平台不同,使用GEO数据转换工具可以分别提取出来,然而你可能问的是lncRNA重注释相关,这个就需要其他方法了
回答于 2017-10-15 14:49
问题1:过滤规则为匹配上的样本中都有表达水平,如果存在数据缺失则会自动过滤掉 问题2:由于不同的计算机语言的数据精度处理方式不同存在你说的那个现象,这个并对数据结果影响极小,应该是数据处理方式的问题,软件中的结果可以使用软件输出的数据使用R进行复现 问题3:同一,实现批量可以使用for循环,我猜测你的数据...
回答于 2017-10-15 14:45
样本类型列为:第1列?? 这个确定是正确的吗,你的分组列选择坚持一下,另外foldchang默认是取了log2的,也就是说2倍的画 填1就行了
回答于 2017-10-14 15:32
简单理解:你这个图的这个通路Gene Set倾向出现在L-RRM2那一类(如果你是按照RRM2表达水平分组的话,那就是L组)中,因为ES最高点在左侧,越左表示越富集。反之在右侧类似。 这里提到分组,生信人工具箱里有个自动分组的GSEA简易使用工具:http://gap.shengxin.ren/tool/4/ ES计算方法如下: 参考链接: http://www...
回答于 2017-10-13 21:38