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下载的TCGA COUNTS数据，发现2列数据对应同一个肿瘤患者如下，怎么处理？

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“简易TCGA下载工具V2”不能使用！

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箱线图工具导不出图

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3 如何把基因ID批量转换为gene semble？

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5 用简易TCGA下载COAD的RNA seq合并时间非常久，死机

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为什么差异分析出来后，我的dif，和topexp是空的文件夹？

2 回答

使用DECenter及boxplot老提醒需要安装R，路径里面没有中文

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10 样本数据行有多个选项，选择什么才对呢？

2 回答
  • qqqq 2018-07-11 11:24

各位大神，低甲基化和高甲基化应该看哪个指标啊，看logfc的符号还是看deltaβ的符号

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3 您好，请问怎么做predictor score！

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差异基因的foldchange及p值怎么计算

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你好，那个生存分析还是一样，分析不出来，样本明明是匹配的？有什么原因呢？求指教

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5 请问怎样预测基因结构，比如内含子和外显子

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10 TCGA的CNV数据如何找到对应的基因？

1 回答
  • 醒 生信一期 2018-06-17 16:10

平台注释文件里没有gene symble 怎么做GSEA分析？？导入GSEA里显示运行失败！！

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求问不同数据集相同的差异基因怎么画热图来看它在不同数据集里的表达情况，谢谢

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关于pheatmap美化问题

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3 GSE17328转换出的矩阵文件ID-REF不是gene

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MammaPrint™ 中70个gene的获取

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3 DEcenter出错，请大侠们指教，表达矩阵和分组都应该没有错误。。。。是经过RMA处理转换Genesymbol和KNM处理后的表达矩阵，选择后只能显示前94个的表达矩阵，后面的1万多个基因的表达矩阵在DEcenter上面不显示。

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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