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求助CNV数据分析

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如何评价基因组的组装效果？

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利用TCGA资源，求助：从获取的差异基因集中，找出和预后相关的基因集，并根据统计学学参数依次排序，有知道如何用R实现吗？

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TCGA小工具下载来的数据用DESeq包，自己摸索了大半天，还是不行，求大神指导

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5 请问谁知道有哪些可以分析基因与三羧酸循环中间代谢物之间关系的软件或网站？

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张老师您好，谢谢您回复了我的问题，我有一个问题想请教您，我最近在找前期实验得到的一些差异性甲基化基因与三羧酸循环中间体的关系，之前就是用了BioGraph这个网址查询，现在网址不能用了，您给我推荐的网址我看了一下好像只是做蛋白的，还有没有其他的一些方法可以分析呢？

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TCGA数据问题

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在TCGA上下载的CNV数据，怎样方便地查看到它的tumor stage

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你好，请问我用TCGA下载工具下载RNA-seq后，合并文件总是报错，将fileID分件分成几段或者重新下载数据也还是报错。要如何解决？

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DEGseq的使用方法

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15 TCGA简易下载工具RNASeq的htseq-count数据是你们自己根据rsem值转换而来的？

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我的电脑和提供的版本不兼容，请问怎么办

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10 TCGA中胶质瘤的正常脑组织对照信息有吗，如果有的话在哪里？

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10 在TCGA数据库中GBM miRNA数据中只有5个，但是我在文献上看到他们的数据有500多例，想请大神们研究一下，不胜感激！！

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有关TCGA临床数据下载的问题

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在TCGA简易下载小工具中，有SNP的分子数据吗？我好像没有发现。谢谢你们

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在ucsc下载的tcga数据库，怎样简单的用excel做癌组织与正常组织的转录组差异表达分析

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为什么这个网址 BioGraph（http://www.biograph.be/ ）打不开？

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3 TCGA简易下载工具V8运行时提示“'ascii' codec can't decode byte 0xc9 in position 7: ordinal not in range(128)”，求帮助！！

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利用简易TCGA下载临床资料，到处数据后感觉是乱码了吗？（见下图）

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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