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3 TCGA数据库下载下来的数据从哪里看数据的变量名代表什么含义啊？谢谢

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3 用TCGA下载的FPKM数据分析差异基因表达不是不符合正态分布吗？不能用Limma，或T检验分析差异基因，同时也不能用DEseq或edgeR分析，那如何分析FPKM数据的差异表达？

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  • THX 2018-07-16 10:51

8 关于SRA下载fastq文件的问题

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3 用TCGA小工具下载mRNA-seq表达数据，需要做批量生存分析和WGCNA,我看范例文章内都是下的FPKM,但我下载了FPKM数据，后期我又要做表达差异，需要用（DEseq）edgeR语言分析，又需要count数据，难道我还要再下载一次count数据吗？可以直接用DEseq工具分析FPKM数据吗？

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10 如何比较两组不同病人中某一已知基因表达差异

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10 怎么下载临床随访信息

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10 求助，这种图是怎么做出来的？

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3 fileID.tmp没有，怎么进行样本分组？

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10 利用BRIG做基因组圈图，怎么不能显示基因组比对的信息？

3 回答

10 GOplot中GOHeat函数使用

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  • qqqq 2018-06-28 10:45

10 求教高手指点，用R语言画的火山图报错

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15 请问sanger box 打开后弹出如下提示框怎么处理？ 弄了一下午，还是不知道 谢谢老师！

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3 我筛选出1000多个差异表达的lncRNA，做了批量生存分析之后，结果文件里只有400多个lncRNA了，这种情况正常吗？筛选的标准是什么？

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  • qqqq 2018-06-22 09:35

5 求助：TCGA甲基化数据中最后一列是什么意思呀？？那位大神能够详细解释下呀

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3 按照教程多个GEO数据集差异分析结果进行综合，RRA工具报错

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3 还是没找到生存分析，这是我利用网上的现成数据进去的，没找到。

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6 再次出现临床数据合并中的问题。（升级到v13版后已解决）

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3 BRCA的临床数据在合并时出现问题，“合并异常！前言不允许有内容。”谢谢了！

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3 DECenter运行出错

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5 请问在TCGA下载的BRCA的Counts数据中出现了几个不一样的Barcode，这个是什么情况？可以把这几个样本删除吗？

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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