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关于MeV做热图

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  • sean 2018-06-14 23:21

TCGA lunch data portal打不开

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10 有人做过“ENST00000000233.9_1”这种ID的转录本注释吗？

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3 怎么解释UCSC Xena提供的临床信息？哪些是最重要的？

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10 tcga如何下载某一特定类型的肿瘤数据，譬如舌癌，口腔癌

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自己下载的TCGA临床数据，一种是一个JSON文件，一种是很多个XML文件，怎么把它们转化成表格形式呢？

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  • XL 2017-12-21 13:28

GEO 转换出来的表达量的ID为什么是一串看不懂的数字，怎么变成可以看懂的分子名称？

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5 请问下如果我做多基因预测模型的话，risk score如何要设立？

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GEO芯片数据中，从同一平台上下载几个不同芯片，这其中包含的多个cel文件可不可以直接放在同一文件夹内用R进行分析？

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10 用TCGA下载二代测序的序列的话，是个什么流程呀？从下载到选择什么样的文件分析，有没有相关TCGA使用以及分析数据的书籍推荐，谢谢！

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TCGA胶质瘤数据下载相对应的癌旁/正常对照

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真的小白别嫌弃我~自学 手动下载geo数据，r语言转换成fastq，后面怎么继续？

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R语言的pheatmap遇到的问题

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请问，通过TCGA简易工具下载的miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling（数据类型是芯片数据吗？）可以做miRNA差异表达分析吗？如果可以的话，用DECenter小工具时应选的方法是limma(芯片），还是edgR（counts数据）

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  • qqqq 2018-06-28 10:45

10 求教高手指点，用R语言画的火山图报错

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  • XL 2018-12-16 17:47

tdROC包做出的结果中怎么显示不出AUC的置信区间和sd值啊？而且结果和survivalROC不太一样，哪个包好啊？

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如何用你们的小工具下载TCGA中的miRNA数据啊？

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3 使用R的clusterProfiler包无法正确匹配

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批量计算生存的工具计算的HR 为什么有 负数的HR 和95%CI

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10 关于提取TCGA的maf文件中的基因突变信息

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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