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TCGA简介

肿瘤基因组图谱(TCGA)计划是由美国National Cancer Institute(NCI)和National Human Genome Research Institute(NHGRI)于2006年联合启动的项目,研究的癌症类型从最开始的多形性成胶质细胞瘤(GBM)到现在为止共有39种,涉及29种癌症器官,...

基因表达与甲基化关联分析,挖掘表观诱导的潜在肿瘤标志物(生信分析方案)

通过基因表达与甲基化的关联分析,筛选启动子区域甲基化修饰改变而引起 基因表达改变,从而对病人预后产生不良影响的基因。 关键字:多组学研究,甲基化,预后标志物 一、研究背景 基因改变对癌症的发生具有...

下载TCGA数据的工具

1、TCGA简介 美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划,试图通过应用基因组分析技术,特别是采用大规模的基因组测序,将人类全部癌症(近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤)的基因组变异图谱绘制出...

肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全,TCGA再也不愁!

TCGA数据库的挖掘工具层出不穷,从数据下载到数据挖掘,这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全: http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储了TCGA病人的影像学资料,如MRI,CT等,以DICOM文件格式存...

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一键计算泛癌中基因表达与肿瘤干性指数的关系

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达,当然我们也可以分析 肿瘤细胞干性与基因表达的关系,我们从先前的研究中(Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogen...

更新了!《TCGA数据下载的终极篇》

在上一篇文章中分享了 《GEO数据的下载方法》 小编今天给大家分享 《TCGA数据下载的终极篇》 作为GEO数据的姊妹TCGA数据库中的数据也是生信分析常用的数据之一。 TCGA(The Cancer Genome Atlas )是由National Cancer Institute ( NCI, 美国...

一步一步教你做芯片重注释

这里以GPL570为例 首先我们需要下载GPL570的探针序列: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL570 找到官网链接: 点击进入官网,搜索探针序列:fasta 点击下载,即可得到我们这个平台的探针序列了 进一步的我们需要准备...

拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例

数据准备 1、下载TCGA RNA-Seq数据,我们使用TCGA简易下载工具进行下载,因为我们是做预后所以就没有显著正常样本,如图共有407个样本(这是包含所有可下载的样本,要全部下载就将右上角的复选框全部取消勾选即可): 下...

你从没见过的的TCGA下载工具

TCGA改版后数据下载看起来不是那么好下了,然而小编也分享过TCGA的几种下载方式,但是实在是愧对大家。因为小编自己也几乎不用那些下载方式,为什么呢,就是感觉也不方便啊!今天给大家分享一个小编下载TCGA的自带断点续...

TCGA数据库

博士磕磕绊绊读到了第三年~ 终于进入了出成果的阶段了,也对生信这个学科建立了一些系统的理解,觉得应该做一些系统的梳理和记录了(虽然这个宏图大志从博一就有了但没有知识积累又懒。那么就从TCGA开始吧!从测序基础...

今天给大家介绍一篇19分来自Immunity的文章

HighlightsSix identified immune subtypes span cancer tissue types and molecular subtypesImmune subtypes differ by somatic aberrations, microenvironment, and survivalMultiple control modalities of molecular networks affect tumor-immune interactionsThese analyses serve as a resource for exploring immu...

做重注释的简单思路记录一下

做生物信息一项必备的技能是寻找可用的数据,很多时候手头的数据不够,有很多的公共数据库数据可以使用,如何充分利用这些公共数据则显得尤为重要,GEO数据库中有大量的芯片数据,很多常见的芯片平台的数据都有过比较...

参考简易TCGA下载小工具简单介绍TCGA

TCGA产生背景       目前人们研究最多的疾病非癌症莫属。从人类基因组计划完成后,癌症研究也早已步入基因组学时代,正因如此,人们急需一个能整合多种癌症基因组测序数据的功能强大的数据库平台来直接准确地获得自...

TCGA RNAseq数据中FPKM与TPM转换介绍

在新版数据中TCGA的RNAseq数据主要提供了三种数据下载,FPKM,FPKM-UQ,Counts,如果要用edgR等筛选差异的话会下载使用Counts数据,但是笔者在过去的数据分析中发现TCGA数据使用edgR等软件筛选差异基因并不理想,细思主要有两方面原...