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生信文章解析（第七篇）非小细胞肺癌中免疫应答相关的突变特征以及驱动基因

非小细胞肺癌（NSCLC）的免疫阻断（ICB）治疗已经取得了显著的临床疗效。然而，如今对ICB应答的生物标志物了解的还不是很清楚。今天小编就为大家带来一篇研究非小细胞肺癌免疫应答相关的signature的文章【The immune response‐rel...

文章解读：乳腺癌甲基化分型的TCGA公共数据挖掘文章思路解析

文章原文：Specific breast cancer prognosis-subtype distinctions based on DNA methylation patterns. 可在“桑格助手”公众号输入：29675884 获取文章原文全文 这是一篇发表在五分多的杂志上的纯生信的文章，思路清晰，数据获取简便，在其他的癌...

一键计算泛癌中基因表达与TMB、MSI、purity、ploidy、HRD、LOH、新抗原的关系

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 基因组异质性与基因表达的关系，比如 TMB：肿瘤突变负荷，TMB与PD-1/PD-L1抑制剂的疗效高度相关，而以TMB为标...

单因素生存分析工具在线版等你来用！R语言都不用安装？

  “做cox比例分析和KM曲线结合分析，阈值该怎么选取，数据是否需要标准化等等问题的解决方法” 01 — 研究背景 COX回归模型，又称“比例风险回归模型(proportional hazards model，简称Cox模型)”，是由英国统计学家D.R.Cox(...

文章分享（四）CT基因的表达与癌症的亚型、分子机制、调控以及预后之间的关系

今天要和大家分享的是一篇发表在Cancer immunology research上的泛癌分析的文章【Tumor Subtype-Specific Cancer–Testis Antigens as Potential Biomarkers and Immunotherapeutic Targets for Cancer  2014.4  IF:8.619】。 Cancer–testis (CT) 抗原是癌症免疫疗法的潜在...

文献解读（5）三阴性乳腺癌与免疫微环境

        乳腺癌种类繁多，具有不同的分子亚型。三阴性乳腺癌(TNBC)的特点是缺乏雌激素受体(ER)和孕激素受体(PR)的表达和HER2的扩增。研究人员希望充分发挥免疫治疗潜力以及了解抗肿瘤免疫分子模式，如今免疫微环境受到...

生信文献解读（3）乳腺癌组织病理学与蛋白基因组学相关分析

众所周知，肿瘤是具有不同类型细胞的异质性组织，其中包括癌细胞、成纤维细胞和淋巴细胞等，并且肿瘤的形态学特征对肿瘤的诊断和预后至关重要，然而其潜在的分子事件和肿瘤形态学与基因的关系尚不清楚。但是随着计算...

GEO数据库及应用场景介绍

NCBI于2000年发起的基因表达汇编（GEO）计划。致力于建立一个基因表达数据仓库和在线资源，用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。GEO主要包含各种芯片数据，也有少部分测序数据，与TCGA的差别在于TCGA只包含人的数...

文章分享（二）不同的肿瘤微环境中，缺氧及免疫与预后关系

在不同的肿瘤环境中，肿瘤内缺氧和免疫与患者预后有关。然而，由于缺乏有效的生物标志物，这些因素目前还没有被考虑用于头颈部癌症(HNC)的治疗中。在此，为大家介绍一篇发在Clinical cancer research上的关于预后相关低氧免疫...

TCGA简易下载工具V16版升级详细教程

前言： 关于老版本：从TCGA最早的V6到现在的V16，我们一直在努力更新，让他变得更好，当然现在的老版本V8及以下的都不能正常使用了，这是由于GDC API做了限制，一次最多只能查询10000个样本的数据，而老版本查询时一次查询...

生信文献解读（1）多组学数据的生存分析识别胰腺癌中的预后标志物

胰腺导管腺癌(PDAC)是最常见和最致命的胰腺癌之一，其5年生存率仅为8%左右，它也是一类异质性的疾病，其中PDAC的侵袭性尤其强。与许多其他癌症一样，PDAC也开始于侵袭性前病变，这为早期发现和早期治疗提供了机会并且即使...

你想要的生物信息知识全在这——生信宝典文章目录

程序学习心得 生物信息之程序学习如何优雅的提问生信宝典视频教程好色之旅-画图三字经转录组分析的正确姿势学习生信的系列教程学习生信的系列书籍教师节献礼 - 文章用图的修改和排版简单强大的在线绘图 NGS分析工具评...

文献解读（1）用免疫风险评分预测黑色素瘤转移的风险

点击"生信学霸"添加关注，我们一起进步 Predicting the Risk of Melanoma Metastasis Using an Immune Risk Score in the Melanoma Cohort 在黑色素瘤数据集中，用免疫相关的基因来预测患者的体内肿瘤瘤的转移状态 发表期刊：Front Bioeng Biotechnol 发...

生信文章解析（第三篇）生物信息学分析膀胱癌不同亚型中免疫调节基因

Hello，大家好，今天小编给大家带来的是有关DNA损伤修复基因以及膀胱癌亚型免疫调节的文章，文章主要挖掘了膀胱癌不同亚型中免疫调节基因并进行了生物信息学分析，内容丰富却也不难理解，于2019年发表在Journal for Immunotherap...

这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

最近偶然看到一篇生信建模的文章，思路清奇，让人茅塞顿开。 从标题上来看 是一篇分析胰腺癌甲基化异常的 基因的预后signature，这个题材的文章 看个标题就差不多能猜出来干了什么事，但好奇的我感觉发五分应该是有什...