祝老师，用TCGA的乳腺癌临床数据做生存分析时，用A1_OS，A2_Event 和vital_status，days_to_last_followup这两种都可以吗

金币能用钱买吗？

想兑换里面的芯片注释以及TCGA临床资料详解这两本书，但是金币不够，怎么弄？

安装TCGA简易下载工具V8遇到报错，以下内容为报错日志

...   File "Main.py", line 23, in <module>   File "com\sxr\webs\RestTCGA.pyc", line 9, in <module>   File "requests\__init__.pyc", line 52, in <module>   File "requests\packages\urllib3\contrib\pyopenssl.pyc", line 47, in <module>   File "cryptography\x509\__init__.pyc...

老师，您好，tcga lihc id转换开始分析用的是旧版的，得到24000左右的基因然后分析投稿被修回；试用新版的取蛋白编码基因只得到19000多。旧版的可以使用吗？差了几千个基因差别是在哪里呢？

怎么验证COX预后模型

请问怎么验证COX预后模型？ 比如在TCGA建立的预后模型，怎么在GEO验证？  是重新在GEO做多因素，计算risk score？  我的疑问是，我的预后模型公式是risk score=∑xi* βi(xi 是基因表达and βi 是coefficient).：比如，在TCGA 从单因素分...

关于CIBERSORT的图

...好， 我是药理学研究生，在文献研究中有关于“通过对TCGA中膀胱癌患者的RNA-seq数据进行CIBERSORT方法测算，以确定肿瘤浸润型免疫细胞群体的相对丰度”的图，我查了很多相关资料，仍然不解。希望老师有时间能帮我解答一下...

求助：TCGA数据差异分析，DEseq和edgeR包都运行失败

用的64位工具盒，下载TCGA RNAseq counts数据，根据临床数据分组，想做差异分析。昨天试用DEseq运行了1个多小时抱失败，今天使用edgeR包，结果如下： 运行R命令："F:\Research\sangerbox/source/softs/R-Portable/App/R-Portable/bin/Rscript.exe" "F:\dec_tm...

GSEA运行出错

用TCGA简易下载工具下载的RNA-seq counts文件，已用ID转换器转换 简易GSEA一直运行出错，将路径更改为根目录仍然出错，该怎么办

解决 请问Win7系统下如何安装使用TCGA2STAT-R 包？

安装应该是没问题，使用getTCGA调用数据时出现问题，我也百度搜索过可能是Linux系统和win7系统兼容性问题导致的，又安装了Cygwin这个软件包，并且用Sys.setenv函数设定了环境变量，再执行getTCGA语句还是出错。R语句和执行结果如...

请问，通过TCGA简易工具下载的miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling（数据类型是芯片数据吗？）可以做miRNA差异表达分析吗？如果可以的话，用DECenter小工具时应选的方法是limma(芯片），还是edgR（counts数据）

请问TCGA中的临床信息clinical.tsv文件和XML文件有什么不一样，比如我下载的是HNSC这个肿瘤的，clinical.tsv中显示的随访病人有501个，而XML文件显示的随访病人有528个，这是为什么呢？

各位大神，我分析TCGA数据，某基因mRNA表达在肿瘤转移组低表达，非转移组高表达。 转移组患者生存时间短。但某基因和患者生存无关，这个如何解释？

1. 检测肿瘤组织EFNA1的mRNA表达水平，分析EFNA1-mRNA与肿瘤转移，发现转移组EFNA1-mRNA表达低。 2.分析转移和患者预后关系，发现转移组生存率低 3.分析肿瘤组织EFNA1的mRNA表达水平（四分位数，小于1/4数的是低表达组，高于  3/4...

学习了大神的文章《TCGA CNV全攻略》，以下一段代码总是提示“unexpected numeric constant in "wget -c -r -np -nH -k -L --cut-dirs 6"”，我想我哪个地方出了错误，请赐教

生存分析问题

请问， 1. 做生存分析是要用TCGA直接下载的所有基因做，还是用差异筛选后的基因做？，对于同一个基因来说前后两种做法的生存分析结果是一样的吗？ 2.  用FPKM做mRNA和LncRNA的相关性，需要对FPKM数据归一化吗？

ID转换时出现的问题

在转换TCGA数据时出现如上提示，请问各位大神这是什么原因？万分感谢