在pubmed上利用TCGA的数据及CeRNA假说整合分析所发表的文章已经快五十篇了，他们从不同程度上来诠释CeRNA假说以及应用场景，我们都知道ceRNA全称为competing endogenous RNA，是一种能够竞争结合RNA的作用元件，通常lncRNA和circRNA会竞争...
用的TCGA数据，按照“拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例”进行，操作，但是所得的所有曲线的logrank值都是NA
老师您好，用小工具先下载了tcga-counts合并文件，然后把表格逆转，按肿瘤-癌旁标本顺序重新排列，首列样本编号，第二列tumor /normal，然后这个文件和tcga合并文件一起decenter，得到表格里面有FC，p值，然后找里面fc最大的去PubMed...
...好， 我是药理学研究生，在文献研究中有关于“通过对TCGA中膀胱癌患者的RNA-seq数据进行CIBERSORT方法测算，以确定肿瘤浸润型免疫细胞群体的相对丰度”的图，我查了很多相关资料，仍然不解。希望老师有时间能帮我解答一下...
...品的体细胞突变状态以及374个HCC样品的基因表达数据并从TCGA中下载了相应的临床数据。作者从诊断为HCC的患者中收集手术切除样本，对具有RNA测序数据和TP53突变信息的359个HCC样品进行分析，使用Illumina HiSeq_RNA-Seq和Illumina HiSeq_miR...
本人生物信息菜鸟一枚，第一次自己提取TCGA编码蛋白和lncRNA表达谱。 数据准备及介绍 利用简易TCGA下载工具，下载胶质瘤数据（表达谱数据） 双击所要选择的癌症（默认选择原发癌和癌旁正常组织） 单击重新检索按钮下载...
...亡率位居世界第三，每年约723,100人死于该疾病。2014年，TCGA数据库研究人员基于体细胞突变数据、mRNA表达谱数据、miRNA表达谱数据、拷贝数（CNV）改变数据以及蛋白质表达谱数据，采用决策树的方法将胃癌分成 i）Epstein–Barr vi...
...定的亚组中的甲基化并不清楚。 在本研究中，作者基于TCGA的乳腺癌的甲基化谱识别出预后特异的甲基化构建了乳腺癌的分类器。该分类器可以帮助识别出新的乳腺癌标志物或者是分子分组将乳腺癌患者更加准确的细分。进一步...
前言： 关于老版本：从TCGA最早的V6到现在的V16，我们一直在努力更新，让他变得更好，当然现在的老版本V8及以下的都不能正常使用了，这是由于GDC API做了限制，一次最多只能查询10000个样本的数据，而老版本查询时一次查询...
小生最近在TCGA，ICGA及GCBI三个数据库上下载关于某一癌症的临床数据，我的目标是能找到带有drug name 与pfs及os等详细描述的临床数据，但只在TCGA上找到了522个样本，GCBI上并没有找到符合要求的数据，临床删选后剩下的样本是远...
...因素。 让我们来看下文章都用到了哪些数据： 1) 来自TCGA的膀胱癌样本的基因表达数据 2) 来自TCGA,GEA,以及EBI ArrayExpress的临床数据 3) 来自TCGA的突变以及拷贝数数据 1. 基于ssGSEA评分的免疫浸润分析 2. 基于CIBERSORT方法的...