有一阵子没有回社区写东西了O(∩_∩)O，之前在简书上写东西得到了比较不错的反馈，即使理性如我，有良好的反馈时还是会更加积极一些 另一方面也是想为桑格助手拓展新的读者渠道。 最近简书在净网，不让发布内容，但是...
我下载的TCGA的RNAseq，按照教程里的步骤，可是一转换就卡在0% 请问这样要怎么解决呢？？？
...因组关联研究的理想解决方案。例如，癌症基因组图谱（TCGA）使用人类甲基化27 / 450 BeadChip芯片测定了涵盖34种癌症类型的超过12 000个样本中的DNA甲基化谱。与基于测序技术的甲基化检测手段相比，甲基化27 / 450 BeadChip芯片的低...
...管正常样本的甲基化（HumanMethylation450）和拷贝数数据。TCGA数据库中TCGA胆癌（CHOL）数据集（n=51）对应的拷贝数以及表达谱数据。TCGA胆癌（CHOL）、肝细胞肝癌(LIHC)和胰腺癌（PAAD）的甲基化数据。 （2）肿瘤纯度的计算：基于甲...
我用edgeR包分析TCGA里的counts数据，分析出来一个基因logFC=3点多，p值也很小，但是当我把这个基因单独拎出来，exp取log2+1，用500多个癌症样本和40多个癌旁样本比较做出来的小提琴图显示两组p值没有差异，请问有这种可能吗，还...
... 希望朋友们可以给出一些见解哈。 PS：刚才看了一下TCGA官网只给出count，FPKM和FPKM-UQ的数据。。这样的话用哪个呢？
请问老师，分析某癌症TCGA数据后得到多个差异表达miRNA，但遇到个问题，某些miRNA在癌症组织中表达上调，提示为促癌基因，但做生存分析却发现高表达患者生存期却延长；同样，癌症组织中表达降低的miRNA，提示为抑癌基因，...
按照祝老师的《拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例》步骤，数据转换完成并导入后，ExpressionView和SampleInfoView中均有数据，但是点击批量运行后出现如图所示提示，请教问题出在哪里？谢谢老师指点
...检索文献收集EE（epigenetic enzymes）基因，共212个。 （2）TCGA基因表达数据：从TCGA中下载10种癌症类型的RNA-Seq level3表达数据，定量为RSEM。 （3）TCGA DNAm数据：从TCGA中下载使用Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip阵列生成的10种癌...
请教老师，我从TCGA下载的肿瘤病人miRNA数据，然后进行了Log2转化，现在做批量生存分析，如图所示KM曲线有两种方法获得，分位数和均值，结果是不一样的，我应该选哪种比较合适？谢谢
...含病例对照组。（3）它们含有至少十个样品。选取对应TCGA的胃癌数据：从癌症基因组图谱（TCGA）获得含有375个GC样品和32个匹配的癌旁样品的RNA-Seq数据数据展示如下：Step2:差异基因分析及合并1、使用limma包对每个芯片数据集进...
如上图，在TCGA的数据里面筛选的一些mirna,其中例如hsa-mir-429，在后面做生存分析时就提示有很多miRs,必须得选一个，关键不知道到底是哪个啊，改成list里面的hsa-miR-429也还是不行。求教该如何解决？？
您好，老师： 我从TCGA简易工具中下载了BCGSC miRNA Profiling数据，另外下载了Clinical数据，后利用合并功能产生两个TXT聚合文件，并利用归一化工具log2对miRNA TXT聚合文件进行了归一化处理，接下来我想用DECenter工具对其进行差异表...
...】。 这篇文章研究分析了五种胃肠道肿瘤（GI）患者的TCGA数据。利用cBioPortal的数据，研究了9种已知的癌症m1A相关酶的分子特征。利用多种生物信息学方法，研究了m1A调控因子对其下游信号通路的影响。为了进一步证实这一调...