...的联系的文章。 1) 数据：作者从泛癌临床资料中提取TCGA数据的临床参数和分子亚型；从Firebrowse (www.firebrowse.org)下载突变数据，作为每个碱基的非同义突变数；从相关文章的补充材料中提取重叠样本的肿瘤纯度、mRNAsi、瘤内...
TCGA下载的甲基化数据通过小工具整合为矩阵，每一行代表一个CpG位点。而打开任意一个甲基化下载的小文件（不是整合后的），里面有一列具有甲基化位点距离启动子位置信息，即：Position to TSS。这个“Position to TSS”一列中通...
...论临床分期还是TNM分期均无法获取，但已看到相关文献从TCGA获取的临床数据是包含分期的，不知道是为什么？该如何获取呢，谢谢！
TCGA下载的FPKM数据，做WGCNA，不管是去除低表达基因还是用MAD或者方差取前50%，灰色模块都有很多基因，也调整过minModulesize=50，mergeCutheight=0.3，还是有很多灰色基因。。。请问可以怎么调整，还是说数据就这样没办法了？
1.数据从tcga下载 2.得到R语言脚本RNA-seq分析中怎么把FPKM的数据批量转换成TPM
从TCGA下载了某肿瘤RNA-seq 数据，准备进行基因差异表达分析，R语言刚入门，对edgeR、deseq2这两个包不太理解，哪位大侠可以详细解读一下使用步骤，最好有详细代码注释，谢谢各位！
祝老师，您好！我下载的TCGA的RNAseq，按照教程里的步骤，点完测试转换之后，就卡在0%不动了。 如下图 请问这样要怎么解决呢？？？
使用TCGA简易工具V16 下载XML临床数据后进行合并 合并后文件前后信息有重复 比如前面有几列 列名为 A18_SexA1_OSA2_EventA3_TA4_NA5_MA6_StageA7_GradeA8_New_EventA8_New_Event_TimeA8_New_Event_Tissue，后面也有几列反映该项信息的比如vital_status，病理...
...谱来识别肺腺癌生存相关的基因。肺腺癌基因表达数据从TCGA数据库获得。首先TCGA数据库中的原始read数通过分位数标准化方法进行标准化，对数转换为正态分布。本文使用DESeq2包筛选了LAC与邻近正常肺组织之间的差异表达基因（...
...----------筛选差异基因数据集：GSE10072，GSE32863、GSE43458和TCGA RNA-seq表达谱数据训练集：GSE68465验证集：GSE31210，GSE50081和GSE72094数据分析方法--------原始数据预处理：对于GEO数据集采用分位数标准化和log2转化，对于TCGA数据集FPKM数据...
...分析疾病之间的共性以及差异，在2012年10月26日至27日，TCGA在加利福尼亚州圣克鲁斯举行的会议上启动了泛癌（Pan-Cancer）计划。Pan-Cancer的目标是跨肿瘤类型以及跨平台收集连贯一致的TCGA数据集，然后分析和解释这些数据。Pan-Can...
...ead.table\r\n\xcd\xa3\xd6\xb9\xd6\xb4\xd0\xd0\r\n" 我准备分析的是TCGA RNA数据，生成矩阵，样本信息为手动编排的癌和正常，错误信息如上，请各位老师指教
目标：已下载TCGA乳腺癌中所有数据，手头有一个基因（已知其在乳腺癌中高表达），现在想知道如何将这个基因高表达的所有肿瘤样本筛选出来，然后再将这些样本中的所有差异基因筛选出来？
...着肿瘤细胞中能被免疫系统识别的越多。 Zhang等人结合TCGA数据库中膀胱癌的体细胞突变数据计算病人的TMB值，基于该值的中位数值将样本划分为高TMB组合低TMB组，首先刻画高低TMB组生存的差异；接下来，结合膀胱癌病人的表...
...腺癌的形态学特征与各种分子数据之间的关系。 来自TCGA以及CPTAC的73例具有图像，RNA-seq，以及蛋白质组学数据. 图1 研究的主要流程如图1所示 1.多组学数据与形态学的相关性分析 ...