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在GEO数据库如何找带有预后信息的数据？一分钟搞定，适用于找任何的样本特征数据

GEO数据库是目前基因表达谱数据数据库之一、里面包含了各种物种的各种测序和芯片平台的数据。详情介绍可以参考这篇文章：https://shengxin.ren/article/454，在这里我们主要介绍怎么快速的获取 ...

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• 祝让飞 发布于 2020-02-07 10:32

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当在文献中看到一个GEO数据集却在GEO中没有权限下载的时候，应该想到ArrayExpress

今日看文献，发现了一套关于疼痛的数据集GSE69901，诚然在GEO中检索时是长这样的： 实在是对该数据集有点兴趣，所以在pubmed上搜索了一下这个数据集： 从文献上来看并不是同一个作者的，那么...

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• 祝让飞 发布于 2019-03-07 13:59

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如果导师丢给你一个基因让你去研究，不妨试一下这两个五分的套路

很多研究都是集中在大样本的基因集中去筛选目标基因，这也是常规做数据挖掘的思路，但是做基础实验的常常关注某个基因，那么一个基因怎么做公共数据挖掘？ 这里有两个秘籍分享给大家 1、横向...

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• 祝让飞 发布于 2019-02-22 12:10

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文章解读——基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存

基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存 Twenty-gene-based prognostic model predicts lung adenocarcinoma survival 肺腺癌（LAC）占非小细胞肺癌的一半以上，它具有高发病率和死亡率...

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• 生信分析流 发布于 2018-09-18 15:48

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根据芯片平台提供的基因组位置来提取基因

在做GEO数据挖掘的时候经常会遇到注释信息很老的芯片平台，或者有些芯片平台压根就没提供基因的注释信息，此时要使用这样的芯片着实不好办，我今天就遇到这样的一个芯片平台https://www.ncbi.nl...

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• 祝让飞 发布于 2018-09-03 10:09

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简易矩阵操作工具使用教程

为了临床的童鞋更方便的处理大的表格矩阵，我们开发了一款简易的矩阵操作工具来对大的表格矩阵进行简单的数据处理 该简易矩阵操作工具主要包括以下几个功能： 1、从大的矩阵文件中提取指定列...

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• 祝让飞 发布于 2018-08-21 21:34

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慕谷·多泰 数据挖掘训练营第二期 开讲啦！

不是所有培训都能值回票价的，更不是所有培训都赠送价值几千元的线上视频课程！！

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• 生信分析流 发布于 2018-08-06 10:51

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GEO和TCGA数据库挖掘文章思路！

TCGA、GEO、GSEA富集分析套路解析！

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• 组学生物 发布于 2018-07-19 08:48

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便捷ID转换器-V3使用教程

便捷ID转换器-V3使用教程

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• 调研图 发布于 2018-07-12 15:02

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用GEO数据不做实验不用编程轻松发两三分的文章

    GEO是目前常用的数据库中收纳数据量最为全面的数据库之一，我们本次基于GEO数据开展一篇生信类型的文章，进行解读、复现、拓展三个方面的解析。     我们本次的总是就是PC端做生信，实现零...

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• 调研图 发布于 2018-06-15 21:04

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蛋白互作网络挖掘，轻松获取关键网络模块

这一讲，主要讲解蛋白互作网络构建以及结果优化，那么同样也是我们本次GEO数据挖掘系列的最后一讲，从开始文件章解读到文章中的每一步的分析操作，我们都通过零编程来实现完成，这里避免大家在...

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• 调研图 发布于 2018-06-15 20:44

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多套数据集我们分别筛完了差异该怎么去整合？

之前讲到通过DEcenter做差异分析，利用多套数据集都得到各自的差异基因，简单粗暴的可以通过Veen图的方法观察多套数据集中同时差异的基因，通过RRA算法简易实现工具来尝试更为合理整合方法。

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• 调研图 发布于 2018-06-15 17:41

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GEO数据挖掘之标准化及箱线图绘制

本节课主要讲解数据标准化，基于我们上一讲的数据预处理中使用RMA工具提取基因表达普数据，重现文章中的标准化结果，以及零代码实现标准化数据和箱线图绘制工具使用说明。 1、本节所讲内容如...

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• 调研图 发布于 2018-06-15 11:07

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GEO数据挖掘之数据预处理

一套万金油GEO数据处理方式，对于下载Series Matrix File和MINiML formatted famliy file文件信息解读和便捷处理方法，绝对是分析新手的制胜法宝。 1、万金油处理思路； 2、Series Matrix F...

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• 调研图 发布于 2018-06-08 11:48

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GEO数据挖掘之原始数据下载

复现文章第一步，GEO数据下载，这里详细解释了GEO数据库中SOFT formatted famliy file、MINiML formatted famliy file、Series Matrix File和RAE.tar四种数据的异同点。 GEO数据库详细解读，包...

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• 调研图 发布于 2018-06-08 10:23