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GEO数据挖掘开篇之文章解析

解读今年三月份发表在《Oncotargets & Therapy》（影响因子2.612）一篇基于GEO数据库挖掘卵巢癌差异表达基因和信号转导通路的整合生物信息学分析文章。 文章思路： 1、使用三套GEO数据；...

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• 调研图 发布于 2018-06-07 23:24

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拿一套GEO数据集用DECenter来花式做差异详解

之前很多人使用DECenter出现各种奇奇怪怪的错误，然后程序猿一直希望将学习成本降到最低，经过多次努力，已更新到了第四版本 这次就用V4来做一下一套GEO芯片数据的差异分析 这套芯片数据为：G...

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• 祝让飞 发布于 2017-10-26 15:20

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如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析

无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因，这个方法绝对能够帮助你事半功倍 首先假设你已经找到了一套数据GSE32323 这套数据共包含44个样本，其中有17个配对的癌与...

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• 祝让飞 发布于 2017-09-28 10:48

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批量计算生存分析工具说明

生存分析：对一个或多个非负随机变量进行统计推断，研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科,既考虑结果又考虑生存时间的一种统计方法，并可充分利用截尾数据所提供的不完全信息，对...

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• 祝让飞 发布于 2017-08-16 14:30

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GEO芯片数据转换器使用案例

以GEO芯片数据GSE14520为例： 首先从GEO下载GSE14520数据: 从图中可以看出共有488个样本，我们选择MINiML格式的数据（软件只支持该格式），下载完： 然后我们将该文件导入到软件中： 从图...

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• 祝让飞 发布于 2017-08-10 10:57

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GEO芯片数据转换器使用说明

随着微阵列芯片技术尤其是基因芯片的广泛应用，产生了海量的数据，为基因研究提供了大量的高通量数据资料，而GEO数据库就是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。用户不仅可以上传自己的数...

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• 祝让飞 发布于 2017-08-10 10:36

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如何利用自己已发表的数据来再发一篇SCI

话不多说，今天来安利一篇老少皆宜的数据挖掘的非编码RNA的“五分以上”文章，标题：Identification of a RNA-Seq based prognostic signature with five lncRNAs for lung squamous cell carcinoma，本文思路清晰，实现简单。

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• 祝让飞 发布于 2017-07-01 17:09

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用公共数据库数据不做实验也能发五分以上文章套路

事实上很多院校对SR、OT都嗤之以鼻，但是今年oncotarget竟然逆势上涨，小编又不小心关注了一下，刚好看到一篇比较简单适合新手入手的文章，今天就来聊一聊这篇不做实验依然发五分以上文章的套路。 这篇文章是去年十月份发表在oncotarget上的题目是：A seven-gene signature predicts overall survival of patients with colorectal cancer

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• 祝让飞 发布于 2017-06-26 16:35