RNA-Seq - 生信人

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转录组结果分析，仅需149！

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组学生物发布于 2018-04-03 11:40

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从零到壹：用云服务器分析转录组每个样本只要十元的教程

真的只要十元

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娄佳成发布于 2018-01-18 16:07

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超简单！每个样本只要10元的转录组分析教程

十元十元？第一次写教程还是要标题党一下。不过十元并不夸张，十元真的买不了吃亏，买不了上当。作为一个临床外科小大夫，写生物分析教程，求专业级别的人放过。看中结果，忽略过程中的瑕疵。...

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娄佳成发布于 2018-01-18 15:55

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TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据

下载、处理及初步分析TCGA level3的RNA-seq数据

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文虎发布于 2017-12-24 15:51

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TCGA RNASeq数据归一化工具说明

TCGA RNASeq数据提供了三种下载格式，很多新手不知道下载哪种格式的数据比较好，因为一些筛选差异的包比如（edgR等）需要Counts，所以很多人去下载了Counts，然后后续却不知道怎么去处理，当然...

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祝让飞发布于 2017-09-01 16:49

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各种平台的表达芯片跟mRNA-seq数据比较

文章见：http://journals.plos.org/plosone ... ournal.pone.0078644指定的细胞系是：Human CCR6+ CD4 memory T cell ，测了6个时间点，共12个样本表达芯片用的是Affymetrix GeneChip HT HG-U13...

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生信菜鸟团发布于 2017-08-15 07:43

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TCGA ID转换器使用说明

为了便于新版TCGA RNA-Seq数据的转换提取，特制作RNA-Seq数据的ENSG_ID转换成lncRNA、编码蛋白基因、假基因等的转换器

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祝让飞发布于 2017-08-04 17:05

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就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧

WGCNA（Weighted Correlation Network analysis）是一个基于基因表达数据，构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析（DEG）的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异，而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系，将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析，寻找特定表型的分子特征。

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祝让飞发布于 2017-06-04 10:53

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关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲

首先来了解一下三个概念： 1、adapter是一段短的序列已知的核酸链，用于链接序列未知的目标测序片段。 2、barcode，也称为index，是一段很短的寡居核酸链，用于在多个样品混合测序时，标记不同的样品。 3、insert是用于测序的目标片段，因为是包括在两个adapter之间，所以被称为“插入”片段。

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祝让飞发布于 2017-06-03 19:04