cBioportal (含TCGA)数据的分组与下载

TCGA基因表达的数据分组、数据下载

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  • weilong
  • 发布于 2023-02-01 13:21
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UpSetR简易绘制工具绘制多维的venn图

R 语言中的维恩图绘制有很多包,Vennerable(最多9维),VennDigram(最多5维),venn(最多7维),当然先前已介绍过最多6维的韦恩图在线工具 https://shengxin.ren/article/1950,而UpSetR绘...

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  • admin
  • 发布于 2021-06-22 13:10
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胃癌TCGA结合GEO数据建模(机器学习建立疾病诊断模型的方法)

生物信息建模大杂烩...

【精品思路在手,高分Paper不愁】转录组数据-免疫微环境精品分析思路(三)

作者刻画了结直肠癌( CRC)的免疫表型和抗原基因组特征,描绘了肿瘤和免疫细胞的关系,试图揭示肿瘤的逃逸机制并寻找免疫治疗的 biomarker。 思路导图: 数据来源:作者利用 TCGA中结

基于生物信息学综合分析鉴定胃癌的发病机制和预后相关的潜在关键基因

本文与18年7月17日发表在Front. Genet(影响因子4.151)上,基本思路是通过一系列的生物信息分析的方法挖掘胃癌预后相关的潜在标志物。该研究的结果为进一步研究诊断和预后生物标志物以及促

对方向扔了一个赤果果的生信分析SCI思路

很久没有写稿子了,今天给大家分享一篇纯生信的SCI,思路简单粗暴。文章2017年发表在Oncotarget上(虽然已经牺牲了),但是我们可以取其精华呀,只要还有值得我们学习的地方,我们就挖掘出来。

他山之石可以攻玉:又能发SCI,毕业了!

《诗经》里有一句话一直广为流传。“他山之石,可以攻玉”,意思是别的山头的石头坚硬,可以琢磨玉器。 作为一只科研汪,在科研上,我们同样可以借用“别人山头的石头”,来琢磨“

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  • 余繁荣
  • 发布于 2018-11-21 13:26
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谁来调控我感兴趣的DNA?100%可行的全面解决方案

本文关心的是直接调控,即哪个蛋白/RNA直接结合我感兴趣的DNA。研究哪个蛋白质结合某段DNA,有两种方法screen: Plan A:大量ChIP-seq公共数据 Plan B:motif分析预测

WGCNA分析,简单全面的最新教程

本文应该是第二全的WGCNA分析教程,参考了最新的文档。第一全的还在路上,会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的 二代三代 转录组测序分析实战班上 ,欢迎 点击链接了 解更多。 WGCNA基

一篇典型的WGCNA文章解读

我们鉴定了两个模块和10个hub基因,这些基因与OSCC的肿瘤发生有关。 这两个模块提供的参考将促进对OSCC中肿瘤发生机制的理解。 此外,hub基因可以作为生物标志物和治疗靶标,用于未来OSCC的精确诊断和治疗。

人类lncRNA 简介

Part 1.目前研究相对比较透彻的lncRNA汇总 与癌症相关lncRNA lncRNA长度Cytoband癌症类型HOTAIR2158nt12q13.13乳腺癌MALAT1/a/NEAT27.5 kb11q13.1乳腺癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、宫颈癌、前...

转录组分析工具哪家强?

本文是导读版,生信宝典公众号同一期还有完整翻译版RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛,也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异

GEO和TCGA数据库挖掘文章思路!

TCGA、GEO、GSEA富集分析套路解析!

GEO小工具下载

想问一下,GEO小工具下载下来的临床数据中,OS是代表存活天数吗?以天为单位?OS_event中True代表存活,False代表死亡吗?求解答,谢谢

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  • tian
  • 发布于 2018-04-30 19:35
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转录组结果分析,仅需149!

转录组结果分析,仅需149!

生信干货~如何从零开始学生信~教程小结

生信干货~如何从零开始学生信~教程小结 教程都在这

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  • 娄佳成
  • 发布于 2018-03-23 12:20
  • 阅读 ( 2617 )

从零到壹:用云服务器分析转录组每个样本只要十元的教程

真的只要十元

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  • 娄佳成
  • 发布于 2018-01-18 16:07
  • 阅读 ( 4449 )

超简单!每个样本只要10元的转录组分析教程

十元十元? 第一次写教程还是要标题党一下。不过十元并不夸张,十元真的买不了吃亏,买不了上当。作为一个临床外科小大夫,写生物分析教程,求专业级别的人放过。看中结果,忽略过程中的瑕疵。...

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  • 娄佳成
  • 发布于 2018-01-18 15:55
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TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据

下载、处理及初步分析TCGA level3的RNA-seq数据

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  • 文虎
  • 发布于 2017-12-24 15:51
  • 阅读 ( 10369 )

RefSeq注释下载及加工

如何从UCSC下载refseq参考基因注释文件

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  • Jinwen
  • 发布于 2017-11-21 15:47
  • 阅读 ( 12700 )