miRNA-mRNA网络构建
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要mRNA-miRNA的互作网络构建。
上一节课已经讲解如何不用编程筛选差异基因，本节讲解利用这些基因构建CeRNA。
首先是老师对于ceRNA的讲解
接下来是miRNA靶基因获取，主要通过miWalk网站，这个同样可以在SangerBox软件库中中找到
进一步根据差异miRNA的ID在miWalk数据库中找打对应靶基因
如此多的靶基因我们中找到最为可靠信息
最后就是与差异mRNA关系对应
我们本节课主要到此结束，下一讲将会讲解怎么构建miRNA与lncRNA的网络
- 发表于 2018-11-16 14:27
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- 分类：基因组学
