CeRNA网络美化篇
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要通过相关性优化ceRNA网络，去除大量假阳性位点。
上一节已经得到CeRNA网络，但是这个网络中密密麻麻全是点（密集恐惧症的可能要靠边站了），那么如何从这么多点中找到我们关心的mRNA、lncRNA或者miRNA呢？本节主讲老师通过生存分析、相关性、MRE和PPI等方法进行剪枝，清楚无效边和节点。
1、剪枝两种方式第一直接挖掘，第二就是通过算法进行过滤
2、本次的方法通过表达量的相关性判断，lncRNA与mRNA呈正相关，miRNA与mRNA和lncRNA呈负相关，通过这种方式将网络中关系有冲突的支点剔除
3、那么有人相关性怎么算呀，这里可以使用批量计算相关性工具
4、最终得到结果
咦？三元关系没有了，这个是因为阈值卡的太严格，这里需要稍微放松阈值，步骤视频中由详细的介绍。
5、调整阈值后的结果
那么通过相关性的方法剪枝方法已经介绍完成，下一节课将是对网络中的基因进行功能挖掘。
- 发表于 2018-11-16 16:14
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- 分类：基因组学
