祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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1139 个回答

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这几天在看batch effect 在一篇文章中使用了combat处理,最终的...

为什么不能增多呢,批次处理 跟差异多少没有直接的联系的

回答于 2019-04-10 02:17

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一键WGCNA运行出错

应该是表型文件出现问题,自己制作并导入一个表型文件试一下

回答于 2019-04-10 02:16

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如何批量下载文件(xml文件),用迅雷下载的不是xml文件

用 KEGG API下载,看这篇文章的R代码: https://shengxin.ren/article/709

回答于 2019-04-10 02:15

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为什么TCGA下载的RNA数据合并之后用便捷ID转换器V3转换之后样本...

一、请仔细检查,一般不会变少,可能存在操作问题 二、RNA数据和临床随访并不是一对一的关系,有些可能没随访,有些可能有随访但没有测序

回答于 2019-04-10 02:14

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请问GSEA小工具的分类方式该怎么选择?这个方式有什么影响

分类方式 是需要你告诉软件的,比如根据某个基因的表达高低进行分类,或者根据样本类型进行分类

回答于 2019-04-10 02:12

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老师,您好。我在用GEO转换器的时候老是错误,没有结果。

截图看一下,检查一下数据有没有下载完整

回答于 2019-04-10 02:09

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sangerbox转化的TPM,表达值之间感觉差距很大,可以直接用于差异...

这是正常的,那些差异较大的 是因为本身表达丰度不高,在做数据清洗时 一般会被过滤掉

回答于 2019-04-04 23:10

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火山图点绘图没有反应

应该是数据读取出错,你检查一下你选择的 数据列是不是有问题,比如 不是数字之类的

回答于 2019-04-04 23:08

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DECenter运行出错

'D:\SANGER' 不是内部或外部命令 明显是D:\SANGER BOX 这里中间的空格导致的,盒子的文件夹路径不要放中文和空格及特殊字符

回答于 2019-04-03 22:02

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热图(转录组数据挖掘)

k-means代码网上多了去了 热图挖掘数据并进行切树使用cutree,会返回所有基因对应哪一个cluster,这就是你要的了

回答于 2019-04-03 21:52