祝让飞的回答

祝让飞 - 生物信息工程师生信一期

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1139 个回答

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首先FPKM_cufflinks文件表示使用cufflinks这个软件计算好的FPKM，可以直接使用。 readcounts_featurecounts这个文件是原始的Counts数据。 FPKM转换成TPM 这个看个人习惯，两个都能用的

回答于 2019-04-22 20:32

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在升级界面里配置一下R路径

回答于 2019-04-22 20:29

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可以直接去掉，不会影响匹配，小数表示的是这个ID的版本号，整数才是ID

回答于 2019-04-22 20:17

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很明显是网络太慢的问题，有些东西没加载

回答于 2019-04-22 20:16

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文章说的很明白先使用R包LIMMA的normalizeBetweenArray函数进行数据标准化，然后使用limma进行差异筛选，阈值为p<0.05和lfc>2

回答于 2019-04-10 02:26

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1、两种都行 2、建议使用TPM

回答于 2019-04-10 02:24

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最新版的在Sangerbox中，不能合并大概率是没下载对

回答于 2019-04-10 02:23

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都可以的，A1 A2是根据最新随访手工整理的，vital_status，days_to_last_followup是TCGA 整理的

回答于 2019-04-10 02:22

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在升级界面里配置一下 R

回答于 2019-04-10 02:19

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这个题目太大了，等于问原子弹怎么造

回答于 2019-04-10 02:19