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如何用GPL文件将GEO芯片矩阵中的ID转换成gene symbol，用R语言。
将ID换成symbol其实就是一个匹配的过程，你代码中的这句colnames(Table(gpl)) 就是用来看探针ID和symbol在哪一列，然后找探针ID和symbol对应的列，你代码中 的c(1,4)应该就是指的探针ID列和gene symbol列，当然不同平台这两列的索引是不一样的，这就是为啥需要 colnames(Table(gpl))看看在哪列然后再修改后面从c(1,4)，比如...
回答于 2017-08-26 22:48
得到基因的想问一下 已经拿到了基因的COG注释，NR注释,SWISSPR...
从你给的表格中看这些注释是用过blast比对到背景数据库后得到的注释，至于分类要看具体数据库给的分类方式，比如COG他有个专门的分类文件，比如GO他有各个功能的层次关系，比如KEGG也有相应的分类方式，先去了解具体的数据库
回答于 2017-08-25 10:08
如何从TCGA数据库下载下来的肿瘤组织表达基因筛选自己的目的基因...
1、下载TCGA RNA-seq数据 2、合并各样本表达数据 3、用Excel筛选出目标基因
回答于 2017-08-25 10:04
老师，怎样在TCGA下载某个基因与某个肿瘤的临床病理相关性以及该...
1、数据下载：可以使用TCGA简易小工具进行下载胃癌的表达谱数据，再从中筛选出AKT3的表达数据，使用Excel就行 2、临床病理相关性：首先要将临床病理资料整理好（简易小工具可以下载病理资料），然后再与AKT3的表达数据进行对应 3、AKT3分组：将AKT3在各个样本中的表达水平分成高中低用（0,1,2）表示 4、相关性：比如与年...
回答于 2017-08-21 10:05
通过pearson相关对样本进行聚类（R语言）
data为m行n列的矩阵 pheatmap(data,clustering_distance_cols = "correlation") pheatmap 使用方式看这里：https://www.shengxin.ren/article/107
回答于 2017-08-19 13:35