祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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1139 个回答

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用简易TCGA下载工具得到的RNAseq数据要做什么转换

三种都是可以的,一般常见的选择是FPKM

回答于 2017-08-18 16:46

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用tcga的RNA seq数据进行预后分析应该用表达值还是z-score

两种方式都是可以的

回答于 2017-08-18 10:52

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miRNA-Seq-BCGSC miRNA Profiling(ISOFORM)下载合并文件后merg...

在 fileID.tmp文件中后面增加一列,这一列的每一行指定一个数字,这个数字代表你要合并的文件中的第几列作为表达值,修改完之后 再运行合并就可以了,默认是第二列,在那个小工具的视频中有具体说明和例子,可以看一下

回答于 2017-08-14 09:18

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如何使用TCGA数据库分析VASH1和miR143临床样本分析表达量的正相...

先使用TCGA简易下载工具将miRNA和基因表达数据下载下来,然后筛选出mir143和VASH1用Excel皮尔森相关系数公式即可计算相关性,整个过程:下载数据-》Excel筛选-》样本匹配(Excel:vlookup函数)-》计算相关性(Excel:PEARSON函数)

回答于 2017-08-09 09:20

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为什么下载clinical数据的clinicalfulld过后的TXT文件乱码?

这不是乱码,是显示混乱,使用Excel打开就不会了

回答于 2017-08-09 09:15

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有关GSEA软件分析

根据gct文件格式要求自己编辑一下,其实和表格文件差不多,主要最后保存成文本格式的就可以

回答于 2017-08-08 13:38

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请问临床数据中有很多,NX,MX等,都表示情况不明吧?那是否可以...

一般 NX,MX比较少的话可以忽略,去掉就好了

回答于 2017-08-08 13:36

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TCGA CNV数据中的sample 标号跟 患者信息中的BARCODE 怎么对应啊...

如果你是用TCGA下载工具下载的话,在fileID.tmp里面有对应关系

回答于 2017-08-08 11:52

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临床信息下载clinicall full 之后,怎样与标本的表达量的那份文...

建议使用Excel的vlookup命令

回答于 2017-08-07 15:26

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TCGA小工具合并文件功能

只需要Merge_matrix文件就行了,多个tmp结尾的merge文件是中间文件

回答于 2017-08-07 15:25